本文包括两个部分，重点介绍如何利用创新的方法为分子置换法的从头计算相位提供更为优质的初始模型。　　 第一部分是介绍如何使用我们提出的新旋转函数、新平移函数和新刚体优化方法确定并优化小搜索模型的空间取向和质心位置。　　 新旋转函数是目前唯一一个可以同时使用搜索模型与待测晶体的帕特森自身矢量和交叉矢量确定搜索模型空间取向的函数。新平移函数是新旋转函数思路的拓展，它在实空间中将以对称元素联系起来的搜索模型与待测晶体的帕特森交叉矢量进行匹配。两种新函数均利用五种像寻函数对匹配情况进行评分，并以动态相关系数作为各输出解的最终分值。测试结果表明，两种新函数较传统的函数更适用于搜索模型较小的情况。　　 新刚体优化方法是以两电子密度图的相关系数(MAPCC)作为优化的监控指标，并利用多元函数变尺度方法自动地调整模型的空间取向和质心位置，在一定范围内寻找MAPCC最大值的优化方法。测试结果表明新优化方法较传统优化方法更适用于模型较小，搜索空间中存在大量局域极值点的情况。　　 第二部分是介绍如何通过对具有理想空间取向和质心位置的小搜索模型的组装以及将组装后的模型在折叠数据库中进行搜索获取更大的搜索模型。