针对全面预算管理，很长时间以来进行的研究都把企业作为重点。科研事业单位致力于国家的科学研究，并且对经济的发展产生的影响是至关重要的，但是很少有人去研究怎样将全面预算管理应用于科研事业单位。随着社会主义市场经济的不断发展，以及各项财税制度的不断完善，科研事业单位同样面对管理创新，特别是加强全面预算管理工作，以此来提高单位内部的管理效率和效益，充分调动各个部门、每个员工的积极性，最大限度地利用各项资源，提高科研事业单位的经济效益和管理效益。　　 本文首先提出在科研单位实施全面预算管理的必要性，阐述了研究的背景，明确研究的目的和意义，对国内外相关研究做了大量文献综述。然后介绍了全面预算管理理论体系，包括基本概念与框架，职能特征、核心思想等等。接着以SL科学院为研究对象，介绍SL科学院的基本情况，通过分析其现行预算模式及其在预算管理过程中存在的问题，结合SL科学院组织机构的特点，利用全面预算管理的相关理论对此进行分析，以这种先进的管理理念为基础，联系SL科学院的具体特点，综合考评预算的组织结构、编制，以及预算的监督、执行和考评等方面的内容，构建全面预算管理体系。研究的目的就是要堆积员进行高效地整合，对陈本进行控制，积极推进重点项目，是资金的利用率得到提升。最后，通过对SL科学院全面预算管理体系构建研究，总结针对科研单位进行全面预算管理体系构建的心得体会，重申在科研单位实施全面预算管理的科学性和实用性。本文进行的研究，不管是在理论上，亦或是在实践上，都有助于完善科研机构的相关预算管理方面的工作，有助于财务管理水平的提高。