目的：分析系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血单个核细胞（PBMC）中非编码RNA（ncRNA）的表达，筛选与在SLE相关的差异表达ncRNA，明确ncRNA在其发病机理中的作用。方法：分别取20例SLE患者及正常对照人群的外周血，分离PBMC，提取RNA，Solexa测序，分析miRNA的表达情况。正常对照组（NC组）；类风湿关节炎组（RA组），SLE稳定组（SW组，SLE疾病活动指数0~4分）和SLE活动组（SH组，SLE疾病活动指数≥10分），每组20例。分别分离PBMC，提取总RNA， lncRNA芯片杂交。使用TargetScanHuman Custom，UCSC，Refseq，KEGG数据库及文献进行生物信息学分析，实时定量PCR（qRT-PCR）验证筛选的SLE相关ncRNA。结果：275种已知miRNAs在SLE组中表达显著差异，153种表达上调，122种下调；61种新miRNA差异表达，18种表达上调，43种下调。芯片检测SH组和NC组，4296条差异表达lncRNAs，1075条表达上调，3221条下调。SW组与NC组比较，3677条lncRNAs差异表达，941条表达上调，2736个下调； SH组与SW组比较，发现1398条差异表达lncRNAs，641条表达上调，757条下调。部分表达差异的ncRNA参与调控与SLE相关基因及信号通路。选取24条ncRNA进行qRT-PCR验证，结果与测序及芯片具有一致的趋向性。结论：我们进行了全基因组ncRNA测序及芯片检测，结果提示SLE患者ncRNA表达具有差异性，不仅参与SLE的发病还可能提供潜在的诊断标志物。