随着我国经济和社会的快速发展,人民生活水平的改善和对环境质量目标要求的提高,加强环境保护,建立生态补偿机制,得到了党中央、国务院的高度重视。同时,经济和社会快速、平稳发展,国家财力和综合实力的大大增强,是国家财政转移支付考虑生态补偿因素成为可能。在这个大背景下,我国的生态补偿实践也逐渐丰富和深入。协议保护作为生态补偿的一种新模式,其自身的特点有助于完善我国的生态补偿机制,是我国生态补偿实践的一种有益补充。本文首先对生态补偿、契约化管理、生态系统理论三方面进行了综述。其次,简要介绍了协议保护的发展来展示其契约化管理的特点。再次,通过对我国生态补偿实践的简要回顾,引出生态补偿中市场失灵与政府失灵的缺陷及由此产生的一些问题,提出构建生态系统保护要素投入体系的要求,然后从要素投入和机制的角度分析我国生态补偿引入协议保护的价值,这一部分是文章的重点。文章的最后,结合协议保护的实践,对协议保护在生态补偿中应用的政策建议。本文采用理论分析与定性分析、理论与实践相结合的方法对协议保护在生态补偿中的应用进行了研究,旨在说明以下几个问题:1、协议保护是契约化管理的在生态补偿领域的新模式,是生态补偿实践的有益补充;2、协议保护自身的特点有助于我国生态补偿机制的完善;3、协议保护通过契约的形式,把生态系统保护要素投入的主体主要表现促进区域内要素的流动和增长;