牛轮状病毒(Bovine rotavirus,BRV)又称犊牛腹泻病毒(Calf diarrhea virus),主要感染1月龄以内的犊牛,其中一周龄以内的犊牛最容易感染。该病发病迅速,传播范围广,容易形成大面积流行。为了快速准确的诊断BRV,本研究参考GenBank上的牛轮状病毒 Sun9 分离株(AB-374146.1)、KJ9-1 分离株(HM-988974.1)、KJ19-2分离株(MF-940662)、KV0418 分离株(EU873011.1)、KV0426 分离株(EU873012.1)和M-1分离株(HM235508.1)的VP6全基因序列,在VP6基因保守序列上设计一对特异性引物和一个探针,建立BRV定量RT-PCR检测方法。另外再设计一对牛轮状病毒VP6基因特异性引物,并克隆VP6全基因,测定序列并进行遗传分析,通过遗传分析,可发现本地流行毒株的情况。试验结果显示,本研究建立的牛轮状病毒定量RT-PCR检测方法,最佳引物浓度为400 nmoL/L,探针浓度为350 nmoL/L,退火和延伸温度均为60℃。可以检测出的最低样品浓度为10 copies/μL,能有效区分牛病毒性腹泻病毒、大肠杆菌、沙门氏菌、牛传染性鼻气管炎病毒和牛呼吸道合胞体病毒。组内、组间的Ct值变异系数均小于2%,建立的标准曲线线性关系良好,相关系数(R2)为0.995,扩增效率(E)为93.5%。该方法具有敏感性高、特异性强和稳定等特点,可用于BRV的诊断和分子流行病学调查,为养牛业防控牛轮状病毒引起的犊牛腹泻病提供了可靠的方法。对牛轮状病毒VP6全基因的克隆测序发现,其基因全长为1194 bp。与国内外23个A群轮状病毒(RVA)毒株VP6基因的核苷酸序列进行同源性比较,其同源性在78.8%-96.6%之间,核苷酸系统发育进化树结果表明,内蒙古本地毒株(NM-BRV株)与美国的RVAWC3毒株亲缘关系较近,为同一个进化群。