经济全球化和知识经济的到来对区域经济的发展提出了新的要求。知识和新技术活跃的产生、扩散和传播使对区域发展问题的分析必须强调知识和技术的创新和扩散。创新已经成为一个地区发展的基本决定因素之一，系统成为区域经济的主要载体和发展模式，区域创新体系的建设成为促进区域经济“内生性增长”的有效途径，区域创新能力的培育和保持成为构建和完善区域创新体系的关键。作为国家层面的科技战略资源，国家自然科学基金要服务于国家创新体系建设的总体目标。通过科学基金引导区域创新体系建设，是发挥科学基金导向作用的重要方面，通过科学基金吸引地方政府投入基础研究，建设区域创新体系，为国家创新体系建设奠定基础。为了发挥国家自然科学基金的作用，实现其定位，仍然有许多问题(理论和实践方面的问题)需要研究和解决，因此本文选择国家自然科学基金促进区域创新体系建设作为研究方向，不仅具有理论上的价值，还具有重要的现实意义。在对国内外区域创新体系理论进行认真总结和客观评价的基础上，论文首先对国家自然科学基金的资助与产出的机构、学科与地区分布进行了分析。各类机构中，高校资助额所占比例最高，企业最少或没有。表明国家自然科学基金侧重资助基础研究的特点；各学科资助的侧重不同，高校在材料、信息、管理学科占有绝对优势，中科院在地理学科占有优势，数理、化学、生命学科的资助额在各类机构的分布相对均匀；资助主要集中在东部地区，特别是北京地区，2005年面上项目资助的全国31个省市中，北京的资助额占26.1％。资助集中的主要原因可能与高校集中在这些地区有关；各地区、各机构的资助额与其NSFC论文产出数量有很好的相关性。显示出投入与产出之间存在一定的因果关系。论文从国家自然科学基金主要资助高校和科研机构的特点以及高校和科研机构在区域创新体系中的作用为出发点，对国家自然科学基金对区域创新体系的作用机理进行了深入的研究。我们认为国家自然科学基金对创新体系的影响途径有两方面：其一是大学和科研院所是知识创造、人才培养的主要阵地，国家自然科学基金通过对大学和科研院所的资助，使其通过科研实现在区域创新体系中的本职职能，即知识创造、技术创新、知识传播和应用；其二，通过知识的流动，以不同的科研活动方式与体系内的政府、企业、中介组织等其他创新主体以及创新环境产生交互影响，共同作用于创新体系。鉴于自然科学基金促进区域创新体系状况进行科学、合理的评价是实现定量研究的重要一环，评价包括两个方面，论文首先从创新资源投入，创新产出效果两个方面来设计区域创新体系的创新绩效评价指标体系，并运用AHP法对区域创新体系绩效进行评价，在此基础上，运用基于协整理论的误差修正模型对自然科学基金投入促进区域创新体系建设状况进行综合评价，为下一步的实证研究作好了充分的准备。最后，论文运用评价模型对东、中、西部城市江苏、江西和云南三省国家自然科学基金促进区域创新体系建设状况进行了综合评价，通过对实证研究结果进行分析，找出了自然科学基金投入方面存在的问题和不足，并对这些问题形成的原因进行了认真的剖析。针对实证评价中所反映出来的问题以及借鉴国外科学基金组织的作法和经验，提出了自然科学基金促进区域创新体系建设的对策和建议：国家自然科学基金向中西部地区倾斜的建议；引导企业积极开展基础研究的政策建议；改善国家自然科学基金管理的思考。