从目前来看,我国的社会经济不断深化改革,市场经济日益发展进步,公司及企业面临着越来越激烈的竞争。为了寻求公司的自身发展,公司投资建设的工程项目也就伴随着经济发展日趋增多,因此,对于公司工程项目的内部审计显得尤为重要。建立行之有效的公司工程项目内部审计体系,整体提高审计的及时性、实时性及有效性,以便于公司及时发现并短时高效的解决工程项目中存在的各类问题,以至于从根本上降低工程项目的整体投资风险,保证工程项目实现预期目标,提高预想的经济效益及效率,完美体现工程项目管理的意义及价值。该论文采用文献调阅追踪法,采用规范研究与理论研究的方法,最后运用案例分析法,对公司工程项目内部跟踪审计进行了系统的研究及分析。本文立足于国内工程项目的研究背景,进而引出本次研究目的及研究意义,阐述了国内外关于工程项目内部审计及内部跟踪审计的研究现状,结合内部审计及内部跟踪审计的理论基础,构建了工程项目内部跟踪审计的理论体系及运行规律和机制,并且详尽的探讨了工程项目内部跟踪审计的重要环节和内容,简要的分析了在实际生产中,对工程项目进行内部跟踪审计需注意的各类事项。最后,通过对某公司住宅楼工程建设项目进行案例分析,验证以上章节对公司工程项目内部跟踪审计理论及其体系的实用性及有效性。