宗喀巴是藏传佛教格鲁派创始人,其于1395年在西藏所进行的宗教整顿,不仅规范了僧人佛法修习次第,肃清藏区佛法修习混乱的情形,而且明确表示戒律是一切佛法修行的基础,是梵行久住的保障。提出大乘戒律要以小乘戒律为基,别解脱戒蕴含于菩萨戒中;同时其将菩萨戒的内容融入到三士道的修习过程中,用菩萨戒思想统摄三乘戒律,做到戒修并重,先显后密。宗喀巴时期藏区佛教界修习混乱、僧俗不分,戒律受到严重忽视。对此,宗喀巴以其自身雄厚的佛教义理知识,在帕木竹巴政权的支持赞助下,通过宗教整顿,不仅著书立说,阐明佛法修习次第,而且重树以比丘戒和菩萨戒为核心的戒律之重要地位。认为五戒十善是一切戒的基础,比丘戒是僧伽步入佛门的先决条件。菩萨戒作为大乘戒律之标志,以摄律仪戒、摄善法戒和饶益有情戒为主要内容,任何人都可以受持,并且在与别解脱戒的关系上,宗喀巴认为菩萨戒的生起不以别解脱戒为基础,但是在理论方面,还是应该先受持别解脱戒再受持菩萨戒,这是最为圆满之次第,同时菩萨戒更注重对“心”的把握。此外,宗喀巴的律学思想还体现在三士道修习次第上:下士道重在止恶,以十不善为主;中士道重在行善,以行一切善为主;上士道则以利益一切众生为要,主要修习六度四摄。其中下士道与中士道所受持的戒律内容与别解脱戒内容相似,二者均是旨不做损害他人之事;上士道所受持的戒律则与菩萨戒内容相似,均是以广行一切善法。宗喀巴的律学思想不仅有效调试了大小乘戒律的适用问题,同时以戒律为基,强调戒修并重,为后期格鲁派的建立与发展奠定坚实的基础。