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本研究以陕西萨能奶山羊繁育中心、陕西布尔山羊繁育中心和陕西绿色世纪生物开发有限公司(周至县羊场)羊场中具有4胎产羔记录的420只西农萨能奶山羊和230只布尔山羊为研究材料,选用促性腺激素释放激素受体(gonadotrop in releasing hormone receptor, GnRHR )基因、促卵泡素β(follieles timulating homroneβ,FSHβ)基因、视黄醇结合4蛋白(Retinol-Binding Proteins,RBP4)基因、视黄酸受体γ( retinoic acid receptor gamma, RARG)基因为研究对象,采用PCR-SSCP技术分析检测候选基因在西农萨能奶山羊和布尔山羊中的单核苷酸多态性,同时研究候选基因之间的协同效应,旨在探索候选基因与西农萨能奶山羊和布尔山羊产羔数之间的关系,为多羔基因选育提供理论和试验依据。本研究获得以下结果:1山羊GnRHR基因第1外显子遗传变异位点与产羔性状的关系在针对GnRHR基因第1外显子设计的6对引物中,发现引物P3扩增片段存在多态,西农萨能奶山羊和布尔山羊中都检测到AA和AB基因型, AB型与AA型相比在外显子1有+714缺失A和+731插入G的2个突变,这导致了5个氨基酸改变(Asn>Thr, His>Thr, Cys> Val, Ser>Gln, Ala>Gln),蛋白质的二级结构和等电点随之发生变化。分析表明GnRHR基因的突变位点与山羊1~4胎和平均产羔数存在显著相关,经过方差分析,西农萨能奶山羊中AA型个体比AB型个体平均每胎少产羔0.28只(P < 0.05),布尔山羊中AA型个体比AB型个体平均每胎少产羔0.27只(P < 0.05)。2山羊GnRHR基因第2外显子遗传变异位点与产羔性状的关系在针对GnRHR基因第2外显子设计的1对引物中,发现扩增片段存在多态,在西农萨能奶山羊和布尔山羊中都检测到CC和CD基因型,CD型与CC型相比在外显2有+1440C→A的1个突变。经过方差分析,西农萨能奶山羊CC型个体比CD型个体平均每胎多产羔0.20只(P < 0.01),布尔山羊CC型个体比CD型个体平均每胎多产羔0.19只(P < 0.01)。3山羊FSHβ基因遗传变异位点与产羔性状的关系在针对两个品种山羊FSHβ基因第1和第2外显子设计的2对引物中,发现引物P2扩增片段存在多态,出现EE、EF、FF 3种基因型。对于西农萨能奶山羊,EE型个体在1~4胎和平均产羔数上显著高于EF和FF型个体(p<0.05),EF型个体在第2胎和平均产羔数上显著高于FF型个体(p<0.05) ;对于布尔山羊,EE型个体在2~3胎和平均产羔数上极显著高于EF和FF型个体(p<0.01),EF型个体的平均产羔数显著高于FF型个体(p<0.05)。在西农萨能奶山羊和布尔山羊两个群体中,产羔性状的遗传主要受基因加性效应的影响。4山羊RBP4基因和RARG基因遗传变异位点与产羔性状的关系针对山羊RBP4基因第4、第5外显子和RARG基因第3、第5外显子设计3对引物,扩增片段经PCR-SSCP分析后,在两品种中均未发现单核苷酸多态性。以上研究表明,GnRHR基因和FSHβ基因可以做为山羊产羔性状的分子标记,为多羔基因选育提供理论和试验依据。