近些年来,市场经济持续发展,国家政策大力扶持“三农”发展,农民专业合作社也悄然兴起,规模逐步扩大。农民专业合作社的发展壮大,可以一定程度上提高农产品质量,拓宽农产品销路,增加农民收入,有利于农业供给侧结构改革。但是当前农民专业合作社的税收征管基础却相对薄弱。合作社的税收收入贡献度不高,基层税务机关的征管压力较大,这都导致税务机关忽视了对于农民专业合作社的征收管理。本文通过研究文献资料,了解到国内外对于农民专业合作社税收征管的现状。采用案例分析法,以X县税务局针对农民专业合作社的税收征收管理作为案例,从三方面分析了X县农民专业合作社的税收征管现状,其中包括X县农民专业合作社的发展现状、X县税收管理体系概况以及X县农民专业合作社税收征管概况。借助日常的工作管理,通过电话咨询和实地走访以及问卷调查的方式了解合作社的发展情况。借鉴国外农民合作社的一些先进的税收征管经验,结合X县合作社实际情况,根据金三税收征管系统的数据结合问卷调查,分析数据,归纳总结,从农民专业合作社税收优惠政策、税收征管、税收风险以及纳税服务四个维度分析了X县农民专业合作社税收征管中存在的问题及原因。针对前面提出的问题,从五个方面提出了优化建议,一是完善合作社相关税收优惠政策、二是加强税收征管水平、三是强化税收风险应对能力、四是提升纳税服务水平、五是规范合作社的经营管理。文章结合税收征管中目前正在不断探索和优化的大数据治税,分析了合作社税收征管中信息化建设以及税收风险中存在的申报繁杂、发票虚开、数据对比滞后等涉税风险问题,针对性地提出优化申报系统,强化数据分析,破解征管风险的优化建议。进一步丰富了税收征管的理论体系,帮助农民专业合作社健康稳定发展。在十四五规划的开局之年,基层税务机关做好农民专业合作社的税收征管工作,在助力农村发展、农民增收、农业增效,巩固脱贫攻坚成效,实现经济稳步发展方面,具有非常重要的意义。