为了保证新药在公共领域内流通的安全性和有效性,各国均通过严格的临床试验和审批程序对新药上市进行规制。这种设定使新药在上市前消耗了较长的专利保护期,上市后剩余有效专利保护期限缩减,新药研发企业无法在销售期内获得合理的收益回报。药品专利期限补偿制度应运而生,它是为了补偿新药因上市审评审批程序占用的专利保护期,为符合条件的新药专利提供额外保护期的制度。这一制度最先在美国确立,后发展到日本、欧盟等创新药市场较为成熟的国家和地区,产生了良好的适用效果。考虑到我国医药市场正逐步从“亲仿制药”转向“亲创新药”,适用药品专利期限补偿制度的现实需求已经产生,我国在2020年10月通过修订《专利法》确立了这一制度并对其作出了原则性规定。为了配合《专利法》的修改,国家知识产权局先后发布了《专利法实施细则修改建议（征求意见稿）》和《专利审查指南修改草案（征求意见稿）》。通过更新下位法细化了药品专利期限补偿制度,进一步预设了该制度的适用对象和条件、计算方式以及基本程序。但是以上两部文件规定并不完备,仍然无法解决实践中产生的争议,将使制度适用效果大打折扣。如果就此通过,将会完全排除《专利法》生效前已上市的新药专利获得期限补偿的可能性,打击药企研发新药的积极性。同时补偿期限的计算方式以及双重补偿期限的规定忽略了药品研发具有差异性,违背实质公平。另外按照当前的规定,基本程序特别是异议程序无法达到其预期效果,仍需要继续完善程序设定。本文围绕征求意见稿等文件中药品专利期限补偿规定存在的问题以及公众对此产生的争议进行探讨,对征求意见稿等文件的不足之处提出建议,以期促进这一制度积极效用的发挥。本文在第一章首先阐述了药品专利期限补偿制度的基本理论,包括该制度的概念和特征、各国建立这一制度的共性原因及其适用效果。由于域外国家和地区建立这一制度较早,因此我国在完善药品专利期限补偿制度时可以通过对域外制度的研究来吸取其立法经验和教训。第二章总结了当前域外制度的立法模式分歧,并以美国、日本、欧盟和加拿大这四个国家和地区作为制度代表,研究同一制度在不同国家立法下内容的共通性和差异性,并对某些差异性的产生原因进行分析。第三章通过分析《专利法》第42条第3款、《专利法实施细则修改建议（征求意见稿）》新增第85条和新增第100条及《专利审查指南草案（征求意见稿）》第5部分第9章第3节的规定,介绍了我国对药品专利期限补偿制度内容的预设。第四章对当前制度内容进行辩证评价,在肯定了制度设计相对完备的同时也指出了其目前存在不足的地方,包括未设置过渡规定、期限补偿计算方式并不完全合理以及基本程序规定不完整。第五章针对目前我国该制度设计的缺漏进行阐述,提出增设过渡性规定、优化期限补偿计算方式、为双重限制期限设置配套措施、搭建行政部门间的沟通渠道以及落实监督异议机制的作用的建议,与第四章对我国药品专利期限补偿制度的评价相呼应。通过调适药品专利期限补偿制度有利于增加其实施的科学性和可操作性,从而发挥这一专利制度的积极作用,激励药品创新,保障我国医药研发事业和知识产权法治保护事业持续健康发展。