小麦是我国最主要的粮食作物之一，近年来，随着全球气温的普遍升高，特别是在灌浆期的高温，对小麦的产量和品质产生许多不利的影响。因此，我们以耐热品种菏麦13和感热品种临麦2号在灌浆期进行42℃高温热胁迫处理1h为实验材料，对热胁迫籽粒和旗叶及其对照进行转录组测序。运用RNA-seq技术，以期挖掘热胁迫响应基因，为提高小麦品质和产量提供参考。取得的主要结果如下：　　1.8个比对分析都得到了大约1500万条reads，但是完全比对到参考序列的reads在表达模式上存在差异，两个品种旗叶中大约有1000万条完全匹配的reads，而在菏麦籽粒中大约800万条，在临麦2号中大约有700万条；8个比对方案都得到了大约7万个转录本，两个品种旗叶中得到的转录本比籽粒中多1000-2000个。8种比对方案的差异表达基因：上调基因300-1200个，下调基因400-500个。　　2.根据表达量距离算法进行聚类分析发现菏麦13和临麦2号在旗叶和籽粒基因表达模式以及在处理差异之间存在明显的不同。对特异表达分析发现，菏麦13旗叶和籽粒受热胁迫特异表达基因较临麦2号热胁迫特异表达基因明显增多，说明菏麦13对热胁迫表现出更多的基因响应；通过Reads在基因组染色体上的分布，我们发现在4A染色体上Reads分布最为广泛，说明在4A染色体上分布更多的热胁迫相关基因，热胁迫基因通过复制或者依赖染色体片段复制在染色体上可以形成“基因簇”，这些“基因簇”可能对调控热胁迫响应具有“累加效应”，使小麦具有更好的耐热性。　　3.GO分析发现，籽粒热胁迫响应基因主要在光合作用、碳固定和蛋白质寡聚化等功能显著富集；旗叶热胁迫响应基因主要在光合作用、呼吸作用、蛋白质寡聚化、过氧化氢代谢、逆境调控、翻译调控、细胞凋亡等生物学过程显著富集。　　4.转录组数据中差异表达的基因可能同时参与抗病表达，表现出耐热与抗病共表达，例如麦芽糖凝集素、丝氨酸蛋白酶抑制剂、BnaC03g11030D等。分析了类苯基丙烷合成Pathway可能参与小麦热胁迫响应。　　5.克隆了一个响应热胁迫的MADS-box转录因子基因TaWM2，进化分析发现其与普通小麦和粗山羊草的MADS-box基因同源性较高。