本研究通过温室盆栽试验，研究连续3年施用不同量的生物有机肥，不同有机质含量（高，中，低）的土壤微生物区系、微生物代谢和功能、有机质组分及棉花性状等方面的差异。探讨了连续3年施用不同量生物有机肥对不同有机质含量的土壤生物活性、有机质组分及黄萎病病情指数等指标的影响，为当地合理施肥提供了相应的科学依据。其主要结论如下：　　生物有机肥可以显著降低土壤黄萎病菌数量，减少黄萎病在棉花中的发生。随着施肥量的增加，高有机质含量的土壤中施用生物有机肥20g·kg-1时其防病效果最好；而在中、低有机质含量的土壤中施用30g·kg-1最高，不同类型土壤各施肥处理明显起到了防病效果。而随着生育期推进和施肥年限的延长均会引起病原菌的富集，使得病原菌数量显著上升。　　生物有机肥的施用能显著的提高真菌、细菌和放线菌的数量。随着施肥量的增加，真菌、细菌和放线菌数量均表现为先上升后下降的趋势，其中高有机质含量的土壤基本在施用生物有机肥10-20g·kg-1时最高；中、低有机质含量的土壤基本在施用20-30g·kg-1最大。随着施肥年限的延长，细菌和放线菌数量有所提高，而真菌数量则有所降低。随着生育期的推进，真菌数量基本呈现―M‖趋势，细菌、放线菌数量则基本呈单峰曲线变化。　　生物有机肥能够显著提高土壤酶活性。随着施肥量的增加，不同土壤过氧化氢酶活性变化不显著。高有机质含量的土壤脲酶活性逐渐的增加，蔗糖酶、多酚氧化酶、蛋白酶活性均表现为先增加后降低，且基本在施用生物有机肥10-20g·kg-1时最大；中有机质含量的土壤脲酶、蔗糖酶、多酚氧化酶、蛋白酶活性也有先上升后下降的趋势，且基本在施用生物有机肥10-30g·kg-1时最大；低有机质含量土壤脲酶、蛋白酶，蔗糖酶、多酚氧化酶活性基本在施用生物有机肥20-30g·kg-1时最高，随着施用量的继续增加，其活性则有所降低。连续3年施肥间，不同土壤过氧化氢酶、脲酶活性均有显著的提高，蔗糖酶活性则有所下降。而蛋白酶活性在高、中有机质含量的土壤有所增加，在低有机质的土壤多酚氧化酶活性变化不明显。　　生物有机肥能够提高土壤微生物量及其代谢活性。3种土壤随着生育期的推进和施肥年限的延长，各处理的土壤微生物量碳、氮均表现为先下降后上升的趋势。随着生物有机肥用量的增加，3种土壤微生物量和AWCD值均有不同程度的增加。中和低有机质含量的土壤中，Shannon和Simpson多样性指数先增加后降低；高有机质含量的土壤中多样性指数则有相反结论。微生物群落多样性变化不仅受施用的外源物的影响，同时也受到土壤有机质本底因子的影响。　　生物有机肥可显著的提高土壤养分含量。且本底有机质含量土壤越低，其全量和速效养分的增加量就越大。连续3年施肥有机质组分在高、中、低有机质含量的土壤中均有不同程度的增加，且基本在施用生物有机肥10-30g·kg-1时的增加速率最大。随着施肥年限延长,其结果说明连续施肥对本底有机质含量较低的土壤有机质影响较大。且活性有机质增加速率较有机质的要高，连续施用生物有机肥可以改善土壤有机质质量。　　生物有机肥可以显著增加棉花叶绿素含量、养分吸收量及生物学产量。随着施肥量的增加，3种土壤的叶绿素含量均在施用生物有机肥20-30g·kg-1增加速率最高，继续的添加肥料量，其增加量则较为缓慢；生物学产量则表现先增加后降低的趋势，且高、中、低三种有机质含量的土壤中棉花产量在分别施用生物有机肥20g·kg-1、20g·kg-1、40g·kg-1时最大，较不施肥增加了50.05％、37.15%、104.08%；棉花养分吸收量的变化趋势与产量类似。