论文部分内容阅读
蝙蝠、啮齿动物、鼩鼱等小型哺乳动物种群庞大、种类丰富、分布范围广泛，并且携带多种病毒，包括一些能引起人类严重疾病的人兽共患病毒。在这些动物中开展病毒的监测，研究病毒的流行情况、遗传多样性及进化规律，能为新发传染病的预防和控制提供依据。 本研究对采自39种小型哺乳动物的968份肛拭子样品进行了星状病毒的核酸检测。在10种蝙蝠中检测到了遗传多样的星状病毒，包括已知的蝙蝠星状病毒和大量新型病毒。同时，在3种野生鼠类中也发现了大量星状病毒，在系统发育树上形成多个区别于已知星状病毒的新分枝。其中，星状病毒在克钦绒鼠中具有相当高的流行率(40.9％)和遗传多样性。本研究对一株豪猪星状病毒进行了基因组测序，得到了6090nt近乎全长的基因组序列。根据其ORF2全长序列进行的系统发育分析显示，该病毒与猪星状病毒2型拥有较近的共同祖先。此外，还在鼩鼱和鼠兔中首次发现了星状病毒。本研究发现的具有高度遗传多样性的星状病毒使我们认识到蝙蝠和啮齿动物等小型哺乳动物是星状病毒的自然储存宿主，为了解星状病毒的生态分布和遗传进化规律提供了新的信息。 中华菊头蝠是SARS样冠状病毒(SL-CoV)的自然宿主。本研究针对云南一处中华菊头蝠种群开展了为期4年的SL-CoV监测。在所采集的432份肛拭子与粪便颗粒样品中，59份为SL-CoV阳性。SARS-CoV S蛋白受体结合区(Receptorbinding domain，RBD)对应区域的序列分析显示，流行于该蝙蝠种群的SL-CoV表现出很高的遗传多样性，可分为5个基因型，分别与SARS-CoV、蝙蝠SL-CoVRfl、HKU3和Rs672相关。其中一个基因型的毒株在RBD区不仅没有大部分蝙蝠SL-CoV中所出现的缺失，并且拥有和SARS-CoV高度一致的序列。对不同株SL-CoV进行了全长S基因、ORF3和ORF8的扩增。结果显示，Rs4841在S蛋白N端和RBD区均与SARS-CoV非常相近，全长S蛋白的氨基酸序列一致性在97％以上，是已发现的在S基因上与SARS-CoV同源性最高的蝙蝠SL-CoV。本研究在多株SL-CoV的S基因上发现了重组迹象，表明这些SL-CoV丰富的遗传多样性与频繁的重组事件有关。另外，还首次发现了具有和SARS-CoV高度类似的ORF8基因的新型SL-CoV。本研究为阐明SARS-CoV的起源和SARS相关病毒的进化提供了重要线索，对SARS的再次暴发起到了预警作用。