公立医院是由国家投资举办、不以营利为目的、向全民提供医疗服务的组织机构。但是,公立医院资源的配置是不均衡的,在公共服务均等化的大背景下,有必要对我国公立医院特别是直辖市公立医院资源配置效率进行评价,目的是为均衡配置医疗卫生资源,解决看病难的问题。本文采用数据包络分析法和随机前沿分析法分别研究了北京、天津、上海、重庆四个直辖市公立医院的技术效率和成本效率,本文所使用的数据来源是中华人民共和国卫生部所发布的1995至2012年度“卫生统计年鉴”“北京统计年鉴”“上海统计年鉴”“天津统计年鉴”和“重庆统计年鉴”。我们发现,四个直辖市中技术效率排名是：北京、上海、天津、重庆,而成本效率排名分别是：上海、北京、天津、重庆。运用Tobit模型研究了影响技术效率的因素,发现影响北京公立医院技术效率的主要因素是业务收入一项,通过对天津市公立医院技术效率的测算我们发现住院患者人均医疗费用,每床职工数两个因素于技术效率影响较大,针对这一结果,我们建议减少住院患者人均医疗费用,每床职工数从而使得医院资源能够有效利用,达到提高技术效率的目的。影响上海公立医院效率的因素是每床职工数一项,影响重庆公立医院效率的因素是业务收入一项。最后针对这些因素分析出的结果提出了减少每床职工数,减少门诊患者人均医疗费用等意见,来合理利用医院的资源,达到提高医院的效率的目的。从整体水平上看,我国四个直辖市的公立医院的技术效率、成本效率是稳步提高的,这说明我国的政策指导在卫生服务这方面还是很有效的,因此我们要保证继续实行大体的指导方向不变,在这个前提下加快医疗卫生体系的改革步伐,以此促进我国的卫生医疗事业的良好发展。