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本试验使用21对微卫星引物对云南省的腾冲群体、无量山群体、迪庆群体、武定群体、泸水群体及西双版纳群体6个东方蜜蜂群体的180个工蜂个体进行扫描,同时对6个东方蜜蜂群体的60个个体mtDNA tRNAleu-COII序列进行系统分析,利用微卫星DNA和mtDNA共同评估群体的遗传结构和遗传关系,分析群体间和群体内的遗传变异,探讨6个东方蜜蜂的亲缘关系及遗传分化。主要研究结果如下:1.利用21对微卫星引物,对云南省6个东方蜜蜂(Apis cerena)群体进行扫描,共检测到207个等位基因,平均值为9.8571±3.9152;所有群体的期望杂合度为0.7382,PIC值为0.7036,所有位点均具有较高的多态性。单个位点偏离Hardy-Weinberg平衡的群体数从3到6不等。群体间平均遗传分化为26.4% (P <0.001),所有位点都极显著地贡献于这一结果(P <0.001);群体内的近交系数Fis为0.692 (P <0.001),杂合子缺失的水平很高,18个位点显示极显著的杂合子缺失(P <0.001);云南省6个东方蜜蜂群体间存在着极显著的遗传分化。群体间的Reynolds’遗传距离从0.057(无量山群体-腾冲群体)到0.683(西双版纳群体-迪庆群体)不等,而Nm值变异范围为4.255(无量山群体-腾冲群体)到0.430(西双版纳群体-迪庆群体)。2.利用21对微卫星标记对6个群体的亲缘关系进行分析,NJ系统发生树结果显示:腾冲群体及无量山群体首先聚为一枝,然后与与迪庆群体聚为一类,再依次与西双版纳群体、泸水群体及武定群体聚集。3.利用微卫星DNA和mtDNA遗传标记分析6个东方蜜蜂群体遗传距离与地理距离的关联性,对于特定的群体而言,微卫星DNA和mtDNA遗传距离与地理距离表现出一定程度的关联性,但6个群体间遗传距离和地理距离回归公式:Fst/(1- Fst) =–0.1435 + 0.0867ln (d)以及Mantel’s检验的结果(P=0.293)并不能为遗传距离与地理距离之间的显著联系提供足够的证据。线粒体DNA序列的差异与群体间的地理分布也没有相关。云南省东方蜜蜂的形成过程中,各自的地理分布可能并不是影响其群体遗传结构的决定因素。4.对云南省6个东方蜜蜂群体的60个个体mtDNA tRNAleu-COII部分序列进行系统分析,整段序列大小约为480bp,其中包括一段非编码序列和部分COII序列。非编码区序列大小约为97-98bp,共有8种单倍型,4种为共享单倍型,其它4种单倍型均为各群体所特有。6个群体内单倍型多样度差异从0.378到0.689。6个东方蜜蜂群体整体的平均核苷酸差异数为1.07458,核苷酸多样度为1.073%。核苷酸分歧度(Dxy)在0.181%～1.959%之间变化,核苷酸净遗传距离(Da)为-0.005%～0.848%,核苷酸分歧度(Dxy)和核苷酸净遗传距离差异均较大,非编码区群体间的方差组分占总变异的23.83%,Fst=0.31723,差异极显著(P<0.001)。6个东方蜜蜂群体间kimura双参数距离变异范围为0.0052～0.0200。截取COII部分序列(1-259bp)参与统计分析,共有7种单倍型,5种为共享单倍型,其它2种单倍型均为各群体所特有;6个群体内单倍型多样度差异从从0到0.644。6个东方蜜蜂群体整体的平均核苷酸差异数为0.84068,核苷酸多样度为0.325%。核苷酸分歧度(Dxy)在0.077%～0.737%之间变化,核苷酸净遗传距离(Da)为-0.021%～0.485%,核苷酸分歧度(Dxy)和核苷酸净遗传距离差异均较大,群体间的方差组分占总变异的39.68%,Fst=0.39688,差异极显著(P<0.001)。6个东方蜜蜂群体间kimura双参数距离变异范围为0.0008～0.0074。6个东方蜜蜂群体表现出较高水平的遗传多态性,群体间表现出显著的遗传分化。5.分别构建了云南省6个东方蜜蜂群体mtDNA非编码区8种单倍型及COⅡ基因部分序列7种单倍型与亚洲其他国家及地区的单倍型的NJ、ME及UPGMA分子系统树。非编码区的单倍型H1、H3、H4、H8与中国境内及邻国的老挝、越南、日本及泰国的东方蜜蜂线粒体DNA非编码区的单倍型聚为一类,H7与柬埔寨东方蜜蜂的单倍型聚为一类,最后所有中国境内东方蜜蜂单倍型聚为一类;COⅡ基因部分序列7种单倍型都与中国境内其他地区及邻国日本的东方蜜蜂单倍型聚为一类,而与其他国家及地区的东方蜜蜂单倍型分开。两个基因区域单倍型的3种分子系统树都将印度的东方蜜蜂印度亚种的单倍型聚到了6个群体的单倍型类群的外面,说明云南省6个东方蜜蜂群体内可能不存在印度亚种。6.基于微卫星标记及线粒体DNA序列对6个东方蜜蜂群体分析的结果一致显示,武定群体的遗传多样性最为丰富,利用Kimura双参数模型对线粒体DNA序列构建的分子系统树中,武定群体始终聚在群体之外。结果表明武定群体与其它5个东方蜜蜂群体间出现了较大的遗传分化。