“十二五”时期,转型升级与创新驱动是我国经济发展的两大主题。实体经济,其中特别是以制造业为核心的工业,始终承担着产业结构升级与发展方式转变的艰巨任务。从国际经济环境看,2008年全球金融危机以后,随着欧美经济的止跌回升,世界经济开始全面复苏阶段,但金融海啸给全球带来的“余震”尚未结束,国际经济复苏道路必将是曲折的。从国内经济形势看,经济发展不可避免地进入了中速发展阶段,一方面复苏的基础不稳,内需后劲不足,资源约束趋紧,另一方面部分产业产能严重过剩,产业结构调整困难重重,一些深层次矛盾仍然突出。面对“内忧外患”的局面,加强我国制造业自主创新能力迫在眉睫。从传统新古典增长理论可知,通常一个国家的技术进步有两条渠道：一是靠技术引进、消化、吸收、模仿创新；二是依靠加大R&D活动投入,提高创新效率,获得新的技术能力。然而我国制造业技术引进一直存在“消化不良”的现象,外资技术溢出效应并不明显,并且在某些行业和地区出现了负效应,另外国内外一些学者也研究表明,依靠外资引进无法彻底改变技术落后的局面。因此,加大自主创新资源的投入,提高自主创新效率是提升自主创新能力的必然选择。然而,资源是有限的,效率的提高恰恰可以缓解资源趋紧与技术提升之间的矛盾。从这个角度看面对资源环境约束日益趋紧的当下,提高我国制造业自主创新效率才是提升自主创新能力的主要途径和决定性标志。本文运用DEA模型通过对2006-2010年我国制造业29个子行业数据分析计算求出Malmquist指数值,并对其进行分解,分别来考察我国制造业总体及各行业平均值的动态变化趋势,研究ML指数各构成成分对我制造业自主创新效率进步的贡献率。并在此基础上建立了DEA-Tobit二阶段模型进一步考察了我国制造业技术创新效率的影响因素。研究结果发现,我国制造业创新效率总体呈上升趋势,效率提升主要得益于技术进步和规模效率的提升。从制造业技术创新效率的影响因素看,企业经营绩效、制度因素以及企业规模对制造业技术创新效率呈显著的正相关性；政府干预和技术引进与消化吸收因素对制造业技术创新效率呈正相关,但未通过显著性检验。这就表明,提升我国制造业创新效率提升的工作重点,应在放在减少在政府的直接干预,完善市场制度,做大企业规模以及激发企业创新积极性上来。