动物肠道菌群在维持其宿主健康方面起关键作用,食性、种间关系等因素对宿主肠道微生物群落结构产生重要影响。当动物利用相同的生境时,不同种类宿主肠道微生物的相互传播的机会将增加,这种情况在越冬候鸟中更加突出。近年来由于人类活动使得适宜生境的不断消失,导致迁徙候鸟不断利用农田生境,从而增加了它们和家禽接触的机会,因此,同域候鸟和家禽的肠道微生物是值得关注的现实问题。本研究采用高通量测序技术(Illumina HiSeq)对升金湖越冬白头鹤(Grus monacha)和同域饲养灰雁(Anser anser domesticus)肠道菌群进行分析,对越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道微生物群落结构及其时间变化的比较,并进一步比较了两种宿主肠道菌群,推断了两种宿主肠道菌群的潜在致病菌。本研究取得以下主要结果:1.越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道菌群的总体组成包括29个门、364个科、690个属,各分类阶元及其丰度在两宿主肠道中表现不同程度的差异。整个越冬期白头鹤与饲养灰雁肠道中共有23.4%的细菌OTU重叠。共有的门科属占比分别是96.6%、78.6%、63.9%。门水平上的优势菌厚壁菌门(Firmicutes),变形菌门(Proteobacteria),放线菌门(Actinobacteria),蓝细菌门(Cyanobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。科水平肠道微生物中核心菌群包括乳酸菌科(Lactobacillaceae),梭菌科(Clostridiaceae),芽孢杆菌科(Bacillaceae),诺卡氏菌科(Nocardiaceae)等在内的14个科。在属水平优势菌分析中发现,乳酸杆菌属(Lactobacillus)在白头鹤肠道中的丰度明显高于饲养灰雁,诺卡氏菌属(Nocardia)在饲养灰雁肠道中丰度较高。此外越冬期白头鹤与同域饲养灰雁的肠道菌群组成存在显著的差异。2.白头鹤越冬前、中、后期肠道菌群中共鉴定出26个门,其中越冬期不同时期白头鹤肠道中共有的细菌门占88.9%;然而在饲养灰雁肠道中共鉴定出28个门,其中越冬期不同时段饲养灰雁肠道中共有的细菌门占82.1%。越冬期不同时段白头鹤肠道微生物在门水平上厚壁菌门与变形菌门占总肠道微生物的比例为90%,而饲养灰雁中的比例为56%。随着越冬时间的增加,白头鹤和饲养灰雁肠道细菌多样性逐渐降低,此外越冬期不同时期白头鹤和饲养灰雁肠道菌群组成也都存在显著差异。3.在整个越冬期的白头鹤与饲养灰雁肠道中共检测出34个潜在致病菌且越冬三个时期白头鹤与饲养灰雁粪便样本中都含有潜在致病菌,进一步研究发现13种潜在致病菌种是整个越冬期白头鹤与饲养灰雁肠道中存在。Alpha多样性结果显示,越冬期白头鹤与饲养灰雁肠道潜在病原菌多样性存在差异,且饲养灰雁肠道中的病原菌OTU丰度要高于白头鹤;越冬前期和后期白头鹤与饲养灰雁肠道病原菌多样性有明显差异,同样饲养灰雁肠道中的潜在病原菌多样性高于白头鹤中的。研究表明,不同寄主类型肠道潜在致病细菌的群落结构和多样性存在显著差异,且鸟类携带病原细菌可能对其他动物甚至人类带来潜在致病风险应更加重视候鸟和同域家禽肠道潜在病原体,通过预防或减少细菌性潜在病原菌对野鸟与家禽种群进行保护。