本研究旨在开发美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)基因组微卫星标记,并利用其进行亲缘关系鉴定和遗传结构分析,开展微卫星标记通用性的初步研究,来评价这些微卫星标记在骨舌鱼科中的有效性。研究表明,利用微卫星标记对美丽硬仆骨舌鱼进行亲缘关系鉴定、解析群体遗传结构切实可行。所开发标记又在骨舌鱼科其他种类中具有通用性。研究结果可为提高金龙鱼繁殖效率,分析近缘物种间的遗传关系奠定基础。1.利用生物信息学方法对美丽硬仆骨舌鱼全基因组的微卫星分布规律进行了分析,结果显示:美丽硬仆骨舌鱼全基因组1~6碱基重复类型的微卫星序列共354239个,总长度为6139487 bp。微卫星单碱基、二碱基、三碱基、四碱基和五碱基重复单元中数量最多的分别为A、AC、AAT、ATCC、AAAAT。25条染色体中,6号染色体所含微卫星数目最多(28662个),22号染色体所含微卫星数目最少(6929个),微卫星数量与其所在染色体DNA序列长度呈线性相关(r=0.999)。22号染色体微卫星出现频率最高(576.35个/Mb),3号染色体微卫星出现的频率最低(469.65个/Mb),微卫星频率与其所在染色体DNA序列长度并不相关。2.开发了50对微卫星标记并进行筛选,对10对多态性较高的标记进行遗传分析,根据基因分型结果显示:10个微卫星标记的累计非亲权排除率均在99%以上。B1、C1群体的母本为A-3,B2和C2群体的母本为A-117。根据亲本群体个体之间遗传距离制定配组计划,有利于避免因近交而产生遗传多样性丧失、抗逆性减弱、生长减慢、个体小型化等种质退化的现象。本研究对养殖群体遗传结构分析发现以遗传距离在0.54~0.60之间的W、X、P、T、S群体作为繁育亲本较好。3.对50个微卫星标记在美丽硬仆骨舌鱼的其他两个自然种群青龙鱼和红龙鱼及六种骨舌鱼科鱼类进行通用性分析,结果显示:红龙(red arowana)、青龙(green arowana)、星点骨舌鱼(Scleropages jardini)、双须骨舌鱼(Osteoglossum bicirrhosum)、黑骨舌鱼(Osteoglossum ferreiai)、利氏硬仆骨舌鱼(Scleropages leichardti)、巨骨舌鱼(Arapaima gigas)、非洲骨舌鱼(Heterotis niloticus)其有效扩增比率分别为82%、78%、68%、34%、34%、32%、20%、16%。所开发的微卫星标记可用于八种鱼类基因组学研究。