蚕豆种质资源淀粉含量分析及Waxy基因遗传多样性研究

来源 :青海大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yushu522216869
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为了解蚕豆种质资源淀粉含量和组成及相关编码基因信息,以国内外319份蚕豆种质资源为研究材料,对其2019、2020两年总淀粉含量、直链淀粉含量以及支链淀粉含量进行测定以及多样性分析;以青蚕14号材料为研究对象扩增蚕豆Waxy基因并进行生物信息学分析;筛选85份直链淀粉含量相差较大的蚕豆种质资源,以DNA为模板扩增Waxy基因蛋白编码区,利用软件分析其核苷酸序列多样性、系统发育树构建;最后筛选SNP位点并进行单倍型分析,将多态性位点与85份种质资源两年淀粉含量进行关联分析。具体结果如下:1:319份材料总淀粉分布于19.208%~57.472%、直链淀粉含量分布于4.148%~17.181%、支链淀粉含量分布于15.008%~45.066%之间,三类淀粉含量变异系数均处于较高且多样性指数均大于2;通过对319份材料基于淀粉含量进行聚类分析,结果显示所有材料被分为了三大类,其中第二类包含的材料分数最多,有237份。2:蚕豆Waxy基因CDS长度1083 bp,编码360个氨基酸;蚕豆Waxy蛋白包含Glyco_transf_5(PF08323)淀粉合成酶催化结构和Glycos_transf_1(PF00534)糖基转移酶Group1两个保守结构域,是一种无跨膜结构的稳定可溶性亲水性蛋白,作用于细胞质。3:85份材料Waxy基因核苷酸多样性Pi:0.00733>0.005,构建系统发育树,结果显示85材料被划分成了三大类,单个类群材料无明显地域划分,说明Waxy基因较保守。4:通过对Waxy基因蛋白编码序列进行分析。筛选获得52个核心变异位点,基于筛选得到的SNP位点进行群体结构分析显示,85份材料共被划分为三大类,无区域性划分。单倍型分析显示85条编码序列共检测到30种单倍型。5:将核心SNP位点与淀粉含量进行关联分析,共得到与直链淀粉显著相关的4个SNP位点,与支链淀粉含量显著相关的1个SNP位点。前4个位点处于序列的非编码区,未参与编辑Waxy蛋白氨基酸序列属非功能性位点。最后一个位点在CDS序列中,位于493 bp,当胸腺嘧啶T突变为胞嘧啶C时,其编辑氨基酸并未发生变化,依旧是编辑K(蛋氨酸)属同义突变。
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