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目的:描述广西肉孢子虫包囊的大小和形态特征;了解广西横县、融水县、三江县和云南昆明市、大理市的市售猪、牛肉的肉孢子虫感染情况;分析广西三地的肉孢子虫分离株与云南两地的肉孢子虫分离株之间的基因差异,判断其亲缘关系。方法:采用随机抽样法,选取三江县的肉孢子虫包囊进行大小测量,并对阳性肉样进行反复冷冻-解冻测试,观察冷冻前后肉孢子虫包囊外壁的突起形态特征;采用随机抽样法,选取广西三地7个乡镇和云南两地7个农贸市场为调查点,采集市售猪肉和牛肉,采用镜检法对猪、牛肉进行肉孢子虫检测;分别提取各地肉孢子虫分离株的基因组DNA,选取18S rRNA作为分子标记,对目的基因进行扩增,采用双向测序或T-A克隆测序法对PCR产物进行测序;从Genbank中检索与各分离株同源性相近的肉孢子虫基因序列,应用DNAMAN和Clustal X软件对全部肉孢子虫株的基因序列进行排列和比较,计算遗传距离;采用Mega3.1软件中的邻接法(N-J法)、最小进化法(ME法)和最大简约法(MP法)分别构建系统发生树,自举检验副本数为1000。结果:260个猪人肉孢子虫包囊的平均大小为917×84μm;30个毛状肉孢子虫包囊的平均大小为1628×100μm;3次冷冻-解冻后,肉孢子虫包囊的突起形态无明显变化,不影响虫种鉴定;在猪肉中查到猪人肉孢子虫和米氏肉孢子虫两种,感染率分别为20.5%和6.41%;在牛肉中查到毛状肉孢子虫和枯氏肉孢子虫两种,感染率分别为44.44%和33.33%;广西三地市售猪、牛肉的肉孢子虫平均感染率为22.99%;云南大理市市售猪、牛肉的肉孢子虫平均感染率为30.14%。广西八江、林溪与云南大理的猪人肉孢子虫分离株相似度为100,遗传距离为0.000;广西独侗、拱洞与云南大理的猪人肉孢子虫分离株相似度为99.8,遗传距离为0.002;广西栾城与云南大理的猪人肉孢子虫分离株相似度为98.1,遗传距离为0.020;广西良寨与云南大理的猪人肉孢子虫分离株相似度为83.8,遗传距离为0.148;广西良寨与云南昆明的毛状肉孢子虫分离株相似度为93.8,遗传距离为0.067。以上各分离株相似度高,遗传距离小,亲缘关系较近。从系统发生树看,10个肉孢子虫分离株大体可以分为两枝,8个猪人肉孢子虫分离株为一枝,2个毛状肉孢子虫分离株位于另一分枝,各自的亲缘关系较近。其中,8个猪人肉孢子虫分离株位于的分枝中,又可以大体分成两大枝,良寨分离株独自位于一个分枝,其余7个猪人肉孢子虫分离株的亲缘关系较近。结论:反复冷冻-解冻猪肉和牛肉不影响肉孢子虫的虫种鉴定;广西、云南两地市售猪、牛肉的肉孢子虫感染率高,当地人群存在肉孢子虫感染隐患;广西三地之间、广西与云南两地之间肉孢子虫分离株的基因相似度较高,亲缘关系较近,两省区的肉孢子虫同属一个虫种。