2013年9月30日,习近平总书记在中共中央政治局以实施创新驱动发展战略为题的第九次集体学习上强调指出,科技兴则民族兴,科技强则国家强。农业科技是加快现代农业建设的决定力量,农业科技投入是实现农业科技进步的源头。2012年中央一号文件提出,政府要在农业科技投入中发挥主导作用,逐步提高农业科技投入占农业增加值的比重。农业部颁布的《农业科技发展规划(2006-2020))》提出到2020年我国农业科技进步贡献率要达到63%。实现特定的科技进步贡献率目标,必然需要有相应的农业科技投入支撑。农业科技投入与农业科技进步不是简单的线性关系,农业科技进步系统是复杂的大系统,具有动态和反馈等特征。系统动力学被誉为“战略与策略的实验室”,适宜于用来建立我国财政农业科技投入与农业科技进步系统的动态仿真模型,研究我国财政农业科技投入与农业科技进步的演化趋势,目前尚未见到同类研究成果。本论文的研究目的,一是：构建我国农业科技投入与农业科技进步系统的系统动力学模型(即动态仿真模型)；二是：借助所建立的仿真模型,预测按照当前的农业财政科技投入态势,到2020年我国农业科技进步贡献率；三是：借助所建立的仿真模型,利用情景分析法,通过政策试验,提出实现《农业科技发展规划(2006—2020)》确立的农业科技进步贡献率,我国财政农业科技投入的合理方案。本研究主要包括以下四个部分：第一部分,农业科技进步相关问题的理论研究。着重系统阐述农业科技进步内涵与测定、系统动力学理论与方法、分析农业科技活动特征及投入主体、研究农业科技进步系统组成、结构及其特征。为运用系统动力学理论与方法,构建我国财政农业科技投入与农业科技进步系统动态仿真模型以及开展政策试验提供理论准备与支持。第二部分,我国农业科技投入现状研究。梳理我国农业科技政策与科技体制演化；分析我国农业科技投入强度；运用复合系统协调度模型,研究农业科技投入与农业经济增长的协调度；以及运用超越对数随机前沿函数模型、协整理论等,揭示农业科技投入与农业科技进步的长期均衡关系；为建立我国财政农业科技投入与农业科技进步系统动态仿真模型、开展农业科技政策试验提供现实依据与指导方向。第三部分,我国财政农业科技投入与农业科技进步系统动态仿真与政策试验。首先,抽象分析包括财政投入在内的影响我国农业科技进步的主要要素以及它们之间的关系、结构,设计我国农业科研投入与科技进步系统流图,进而运用系统动力学专业模拟软件构建我国财政农业科技投入与农业科技进步系统动态仿真模型。接着,以所建立的动态仿真模型为工具,分析我国财政农业科技投入与农业科技进步发展态势；并以财政农业科技投入为政策控制变量,运用情景分析方法,设计七种不同的科技投入方案,对不同的投入方案下农业科技进步贡献率变化进行动态仿真。最后,比较选择能实现特定科技进步贡献率目标的科技投入方案,并基于微观经济学效用理论,优化农业R&D投入结构。第四部分,综合前文研究基础,提出相应的促进我国农业科技进步的政策建议。本研究结论表明：第一,农业科技领域正是市场机制无法很好发挥作用的领域,政府应当发挥主导作用,承担农业科技发展的责任和义务,弥补农业科技领域市场失灵；第二,我国政府始终高度重视农业科技进步在农业经济增长中的作用,如何在农业科学技术事业发展中体现政府主导作用,将是未来我国农业科技政策的重点；第三,我国农业R&D投入、农业技术推广都是推动我国农业科技进步的重要因素,但是我国农业科技投入不适应我国农业经济发展需要,假如没有充分加大我国财政农业科技投入,我国农业科技进步贡献率将呈现下降趋势；第四,农业R&D活动、农业技术推广活动对农业、农村经济发展的促进作用不够显著,农业R&D活动、农业技术推广活动缺乏良性互动,科技与生产“两张皮”的问题有待进一步解决；第五,农业R&D活动对我国农业科技进步水平的作用并不如农业技术推广明显,农业科技创新能力有待进一步提升；第六,要实现《农业科技发展规划(2006--2020)》提出的到2020年农业科技进步贡献率达到63%的战略目标,到2020年财政农业R&D投入占农业增加值的0.64%,2010年至2020年财政农业技术推广投入年增长速度为9.0622%；第七,要优化农业R&D投入结构,努力使得我国农业基础研究、应用研究和试验发展投入比为1：4.59：13.4,从而保证农业R&D投入促进农业科技进步的效果最佳；第八,系统动力学模型是包括财政农业科技投入与农业科技进步系统在内的经济社会系统的一个政策试验工具,可以应用情景分析法等展开重复的政策仿真,检验相关的政策实施效果。上述研究结论具有很好的政策启示：第一,强化各级政府科教兴农的战略思想；第二,坚持政府在农业科技进步中的主导作用,特别是要保证财政农业科技投入的必要强度,确保《农业科技发展规划(2006-2020年)》提出的战略目标的实现；第三,要通过制度创新,建立多元化农业科技投入体系；第四,要通过优化投入结构、建立健全我国农业科技知识创新体系、建立健全协同创新机制等,提升科技创新和技术推广能力,提高科技投入的产出效应。本论文的创新点主要体现以下方面：(1)财政农业科技投入强度和农业科技进步贡献率长期以来一直是我国学术界关注的课题,但是多为分别研究,鲜有从联系的视角,把两者作为有机整体加以研究。本研究运用系统动力学的理论与方法,研究我国财政农业科技投入与农业科技进步关系,是研究视角的创新,可能为我国农业科技投入政策的研究探索一条新的分析方法和研究思路。(2)运用系统动力学的理论与方法,建立我国财政农业科技投入与农业科技进步系统动态仿真模型；运用复合系统协调度模型,分析我国农业科技投入与农业经济增长的协调度；采用经济学分析中广泛使用的柯布——道格拉斯效用函数,优化我国农业科技投入结构,是本研究在研究方法应用上的创新。(3)应用情景分析方法,科学设定不同情景,对我国财政农业科技投入政策进行动态模拟,寻找实现特定农业科技进步贡献率目标的财政农业科技投入方案,是本研究另一个特色和创新之处。