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紫貂是典型的寒带、亚寒带哺乳动物,曾是一种分布广泛的物种。在我国,共有4种紫貂亚种,主要分布于东北和西北地区人口稀少、气候寒冷的针叶林地带。由于紫貂皮毛异常珍贵,所以该物种经常受到盗猎者的捕杀。再加上人类活动导致的栖息地破碎化,使得紫貂生存面临严峻的挑战。本研究通过传统方法（磁珠富集）,开发出紫貂基因组多态性微卫星位点22个。同时利用紫貂基因组高通量测序数据,开发了16个四碱基多态性微卫星位点。并且利用这16个四碱基位点,对来自中国东北地区的三个紫貂种群（牡丹江-尚志种群、漠河种群、根河种群）49个个体进行了遗传多样性和种群结构分析。主要研究结果如下:1.通过构建基因组文库,共挑取了2252个克隆,经过阳性克隆筛选（获343个）、测序（测序200个阳性克隆）及引物检测（共设计100对）,获得26对可以扩增出清晰、单一,且与预期大小相符条带的引物。利用22个紫貂样品对以上引物进行毛细管电泳检测,最终获得22个多态性微卫星位点。其等位基因数范围是311个,除了位点Mz24和Mz26的多态信息含量较低（0.25<PIC<0.5）,其余所有位点的多态性都呈较高水平（PIC>0.5）。2.通过本实验组已经获得的紫貂基因组数据（高通量测序）,共设计了124对引物,随机挑选30对引物进行扩增效率检测,结果得到16对可以扩增出清晰、单一,且与预计长度相符条带的引物。运用这16对引物直接对49个样品基因分型（毛细管电泳）,并做个体识别,结果表明16个位点均表现出较高的多态性,个体识别显示无样品重复。（1）种群遗传多样性。三个紫貂种群经16个多态性位点检测,共得到105个等位基因,平均每个位点为6.563个。平均观测杂合度为0.5893,平均多态信息含量为0.672,说明16个位点具有较高的多态性,紫貂种群遗传多样性较高。（2）群体遗传分化。三个种群所有位点的F-statistics分析结果显示,就整个群体而言,平均遗传分化指数(FST)为0.060,群体内的近交系数为0.103,存在近交现象与杂合子缺失现象;两两种群间遗传分化指数显示,牡丹江-尚志种群与漠河种群、根河种群遗传分化均较为明显(FST值分别为0.056与0.051),而漠河种群与根河种群遗传分化水平较低(FST=0.031),表明各种群间存在不同程度的遗传分化现象。（3）群体遗传结构。根据微卫星数据Nei遗传距离进行种群UPGMA聚类分析,结果显示来自大兴安岭地区的漠河种群与根河种群聚为一支,来自小兴安岭、张广才岭一带的牡丹江-尚志种群自成一支。基于微卫星数据个体间遗传距离的NJ聚类分析将三个种群的所有个体分为两大类群,其结果与UPGMA聚类分析、主坐标分析（PCoA）及STRUCTURE遗传结构分析结果一致。结合遗传分化指数(FST>0.05),说明大兴安岭地区紫貂种群与小兴安岭、张广才岭一带紫貂种群存在中等程度的遗传分化。