【摘 要】
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[目的]应用生物信息学技术及免疫组化检测m6 A修饰阅读蛋白YTHDC2在卵巢癌组织中的表达及其与临床病理学特征的关系,并探讨可能的作用机理,为进一步研究提供理论依据。[方法]通过GEPIA及Oncomine数据库分析YTHDC2基因在卵巢癌中的表达,利用Kaplan-Meier Plotter在线软件对YTHDC2基因进行生存分析;从UCSC xena网站下载TCGA数据库中卵巢癌样本的RNA-
【基金项目】
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国家自然科学基金(编号:81960469); 昆明医科大学科技创新团队(编号:CXTD202008); 云南省万人计划名医专项[编号:云财行[2020]300号1803);
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[目的]应用生物信息学技术及免疫组化检测m6 A修饰阅读蛋白YTHDC2在卵巢癌组织中的表达及其与临床病理学特征的关系,并探讨可能的作用机理,为进一步研究提供理论依据。[方法]通过GEPIA及Oncomine数据库分析YTHDC2基因在卵巢癌中的表达,利用Kaplan-Meier Plotter在线软件对YTHDC2基因进行生存分析;从UCSC xena网站下载TCGA数据库中卵巢癌样本的RNA-seq数据及对应的临床数据,利用64位“R”软件运行survival ROC包绘制时间依赖受试者工作曲线(Receiver Operating Characteristic curve,ROC曲线),评估YTHDC2在卵巢癌预后判断中的准确性。通过转录后调控预测网站POSTAR挖掘YTHDC2的下游调控基因,利用m6A甲基化修饰数据库SRAMP预测YTHDC2下游靶基因FLNA甲基化位点信息,分析其作用机理。最后应用免疫组织化学方法(Immunohistochemistry,IHC)检测YTHDC2和FLNA在70例上皮性卵巢癌(Epithelial Ovarian Cancer,EOC)及25例正常卵巢组织中的表达情况,分析YTHDC2、FLNA表达与临床病理特征的关系以及二者之间的相关性,探讨YTHDC2基因在EOC中的临床意义及可能的作用机理。[结果](1)Oncomine数据库筛选发现13项关于YTHDC2基因在卵巢癌中差异表达的研究,共包括3399例标本,对这13项研究结果进行统计分析,结果显示YTHDC2基因在卵巢癌中低表达,差异具有统计学意义(P<0.05)。GEPIA数据库筛选出426个卵巢癌组织样本,88个正常卵巢组织样本,统计分析显示,YTHDC2在卵巢癌中表达显著低于正常卵巢组织,差异具有统计学意义(P<0.05)。(2)Kaplan-Meier Plotter生存分析结果显示,YTHDC2基因高表达组患者无进展生存期(Progression-free Survival,PFS)、总生存期(Overall Survival,OS)均显著高于低表达组患者(P<0.05),YTHDC2高表达组卵巢癌患者的预后较好,差异有统计学意义(P<0.05)。(3)ROC曲线显示,1年、3年、5年及8年生存率AUC分别为0.634、0.579、0.535和0.518,均大于0.5,YTHDC2为有价值的独立预后因子,其中以1年生存率AUC值最高,预测价值最好。(4)POSTAR数据库共挖掘出YTHDC2的下游靶基因640个,选择FLNA为感兴趣的靶基因进行深入挖掘。(5)GEPIA数据库分析发现,FLNA在卵巢癌组织中表达显著低于正常卵巢组织,差异有统计学意义(P<0.05)。(6)m6A甲基化修饰位点预测数据库SRAMP(sequence-based RNA adenosine methylation site predictor)预测FLNA 甲基化位点信息,FLNA mRNA上有151个m6A修饰位点,评分最高的位点碱基序列为GGACU。(7)IHC方法检测EOC组织及正常卵巢组织中YTHDC2、FLNA蛋白水平,免疫组化阳性产物为淡黄色至棕褐色颗粒,YTHDC2主要定位于细胞核,FLNA主要定位于细胞核和细胞质。EOC组织中YTHDC2和FLNA的平均光密度值分别为0.701、1.76,正常卵巢组织中分别为1.46、3.01。与正常卵巢组织相比,EOC组织中YTHDC2和FLNA表达均显著降低,差异具有统计学意义(P<0.05)。分析YTHDC2和FLNA表达与EOC临床病理特征的关系,发现YTHDC2、FLNA在不同组织病理学类型、国际妇产科联盟(Federation International of Gynecology and Obstetrics,FIGO)分期、淋巴结有无转移中的表达水平不同,差异具有统计学意义(P<0.05)。卵巢浆液性癌、FIGO Ⅰ-Ⅱ期、无淋巴结转移的EOC患者组织中YTHDC2和FLNA的阳性表达率均高于其他类型上皮性癌症、FIGO Ⅲ-Ⅳ期、有淋巴结转移的患者,差异有统计学意义(P<0.05)。而在不同组织分化程度、年龄<50岁与≥50岁的患者中的表达无显著差异(P>0.05)。Pearson分析EOC组织中YTHDC2、FLNA表达的相关性,结果发现YTHDC2、FLNA的表达呈正相关(R=0.438,P=0.001)。[结论](1)m6A修饰阅读蛋白YTHDC2在卵巢癌中低表达,且与卵巢癌患者不良预后相关,该基因可能是卵巢癌诊断、预后评估及其靶向治疗的潜在生物标志物。(2)FLNA为YTHDC2下游靶RNA之一,其在卵巢癌中低表达。YTHDC2可能通过与FLNA结合,以m6A修饰方式调控FLNA表达,从而促进EOC进展,但需要进一步进行体内外实验验证其作用机理。
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