羊毛细度的改良一直是细毛羊育种的重要目标之一,新吉细毛羊是我国具有很好羊毛品质的细毛羊,其主体为细型,部分个体达到了超细型,为了初步了解造成这种表型差异的遗传本质,进而能筛选出超细型细毛羊的分子标记,本研究利用AFLP技术对超细型细毛羊的基因组进行检测,利用cDNA-AFLP技术对羊毛细度极端个体(超细型和细型)皮肤组织的mRNA进行了差异基因的比较分析,结果如下:1.经过大量摸索,建立了一套银染AFLP技术体系。采用TaqⅠ和EcoRⅠ双酶切,利用6对引物对24只细毛羊基因组DNA进行分析,共获得226个AFLP标记,平均一对引物获得的标记数在29~50之间,研究结果表明:AFLP技术适合检测绵羊的遗传多态性,新吉超细型细毛羊相似系数AFLP研究结果为0.914~0.982。2.依据所建立的AFLP技术体系,共使用64对选择性引物组合对羊毛细度极端个体皮肤组织的总RNA进行了差异显示研究,检测了近1200条cDNA带,发现了21条差异片段,其中16条在超细型细毛羊的表达量比细毛羊上高,其它在细毛羊上的表达量的比在超细型细毛羊上的高。成功克隆测序8条差异片段,得到的序列与GenBank中的序列进行同源性比对后发现其中4个ESTS在GenBank中无同源性,其他的ESTS分别与羊的膜联蛋白的mRNA(annexin 2),牛的不均一核蛋白(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H2)的mRNA,羊的BIIIB4高硫角蛋白的mRNA,牛的钙蛋白酶抑制蛋白(calpastatin)的mRNA高度同源。本研究有助于对超细型,细型细毛羊差异形成原因的分子基础的认识,为羊毛基因组的研究增加了新的资料。