医学制药行业是中国国民经济的重点组成部分之一,近年来,受医改试点扩大、医疗保险缴费标准新规和国家药品价格谈判等多项措施的影响,药品招标和医疗保险费降价将成为新的规范,医药行业的整体发展形式将受到多方面因素的制约,现有的市场结构也因此会发生深远变化。为了保护和改善人民的身体健康,提高生活质量,制药行业在计划生育、防灾防疫、促进经济发展和社会进步等方面发挥着非常重要的作用。因此,如何促进医药行业蓬勃发展是近几年来国家发展改革中的一项重要内容。2017年是深化医疗卫生体制改革的重要年份,国家食品药监总局对医药制药企业药材存货的管理方面发布了相关规章制度,要求制药企业除了关注成本和存货运转效率情况外要尤其谨慎生产销售药品的安全性,因此医药行业存货内部控制的建立特殊性和普遍性共存。有效的存货内部控制不仅可以提升企业存货周转效率还可以保证存货质量,有助于企业更长久的发展。本文首先介绍了国内外学者对内部控制相关理论的研究,同时对存货内控的相关要素,理论的发展以及具体目标和内容进行说明。其次将S公司作为研究对象,对S公司的基本情况进行介绍并对S公司在存货采购,仓储和出库三大环节的内部控制现况进行详细说明,在此基础上分析存在的问题。基于S公司的实际情况,从存货内控管理流程、存货内控环境、存货风险评估体系三个方面提出存货内部控制的优化对策。最后对S公司存货管理的优化方案提出了相应的保障性措施,使S公司在医药制造行业中的发展中更具优势。