基于高通量测序的一个非综合征型耳聋家系遗传性分析

来源 :郑州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dawancha2010
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背景与目的听力下降即耳聋,是临床最常见的感觉缺陷性疾病之一,也是影响人类生活质量和导致终生残疾的最主要问题之一。目前世界范围内有2.78亿人患有不同程度的听力下降,我国耳聋患者近3000万人,居各类残疾之首。每1000名新生儿中就有1~3人患有听力下降,且有相同数量的儿童在生长发育过程中发展为耳聋。如此庞大的耳聋群体,严重影响患者的认知、交流能力,给个人、家庭、社会造成巨大负担。耳聋的致病因素很多,大致可分为环境因素与遗传因素两大类。耳聋患者中有60%以上为遗传因素所致的先天性感音神经性聋,而余下40%可能为环境因素所致。根据患者是否伴有耳外组织器官的发育异常或功能障碍分为综合征型耳聋(syndromic hearing loss,SHL)和非综合征型耳聋(non-syndromic hearing loss,NSHL)。根据遗传方式的不同可将遗传性耳聋分为常染色体显性遗传(autosomal dominant deafness,DFNA)、常染色体隐性遗传(autosomal recessive deafness,DFNB)、性染色体连锁(X连锁遗传,X-linked deafness,DFNX和Y连锁遗传,Y-linked deafness,DFNY)及线粒体突变母系遗传四种。统计发现耳聋患者中70%以上属于NSHL,已发现的致病基因多达200多种,广泛分布在各个染色体上,因此确定耳聋患者的致病基因的研究工作就十分艰巨。目前常用的基因检测方法有Sanger测序法、基因芯片测序法、高通量测序法。Sanger测序法被认为是诊断基因突变的金标准,准确性高,能提供被检测基因的全部序列信息,但存在成本高、耗时长等缺点;基因芯片测序法可以同时检测多个基因,但目前已开发的遗传性耳聋基因诊断芯片,仅能同时检测个别常见耳聋基因的突变,无法检测少见的或未知的突变,存在漏诊风险;而高通量测序法具有快速、准确、灵敏、高效、覆盖度广等特点,可一次性检测多个基因多个位点,相对于其他基因检测方法具有极大的优越性。因此我们采取高通量测序方法对一个非综合征型耳聋家系进行致病基因的检测,以期发现其遗传学致病基础,为该NSHL家系的耳聋基因诊断、遗传咨询及防聋治聋提供参考。方法收集来自河南省南阳市的1个NSHL家系,共3代26人,耳聋患者3人。登记所有人员基本信息,详细调查耳聋患者的发病年龄、诱发因素、伴随症状、耳聋的进展情况、有无耳毒性药物应用史、头部或耳部外伤史、噪音接触史、母亲孕育情况及新生儿黄疸史等,所有家系人员均进行相应检查,包括纯音测听、声导抗、耳声发射、听觉诱发电位、颞骨CT、头颅MRI、内听道水成像等,排除颅脑占位性病变及智力障碍。采集家系成员外周静脉血5ml,EDTA-K2抗凝,用DNA提取试剂盒提取符合要求的DNA,应用高通量测序法进行基因测序,将获得的基因序列与http://genome.ucsc.edu网站数据,参考版本GRch37/hg19进行比对,获得该家系成员的突变基因。结果3名患者携带GJB3 c.375C>T杂合突变、KCNQ4 c.777T>C杂合突变、ILDR1c.1545T>G纯合突变、GJB2 c.1277C>T、c.1152G>A及c.1067G>T纯合突变、mtDNA12S rRNA m.1121T>C突变,其余家系成员中1人携带ILDR1 c.1545T>G杂合突变、GJB2 c.1277C>T、c.1152G>A及c.1067G>T纯合突变,1人携带GJB2 c.1277C>T纯合突变,3人携带GJB2 c.1277C>T杂合突变。结论1.没有发现该非综合征型耳聋家系的明确致病基因,可疑基因为线粒体12S rRNA m.1121T>C突变。2.线粒体12S rRNA m.1121T>C突变与非综合征型耳聋的关系有待进一步分析研究。3.高通量测序法对于耳聋基因的筛查具有快速、准确、灵敏、高效、覆盖度广等优点。4.高通量测序法对于发现新的致病基因具有推动作用。
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