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有毒赤潮藻棕囊藻(Phaeocystis)生活史复杂，群体形态高度可变，自由单细胞存在多种形式，地理差异显著，在超微结构水平观察困难，缺乏明确有效的分类标准，制约了相关研究的深入开展。本实验通过显微镜观察藻株形态，采用PCR直接测序的方法测定18S rDNA序列和rDNA ITS区序列，研究中国东南海域的藻株分类。 显微镜下观察藻株形态特征，发现根据胶质囊的有无、群体形态(群体形状及大小、群体内细胞分布)和鞭毛单细胞大小等，比较难对藻株进行区分和定种。 本实验测出了汕头藻株ST3和ST2的18S rDNA序列以及香港藻株HK2的18S rDNA序列和rDNA ITS序列。将18S rDNA序列输入国际分子生物学数据库进行比较分析，发现汕头藻株ST3和ST2被误作棕囊藻属藻类。ST3与硅藻门骨条藻属的Skeletonema costatum、Skeletonema pseudocostatum亲缘关系较近；藻株ST2与Isochrysis galvanaUIO102亲缘关系较近，可能是Isochrysis属的藻类。18S rDNA序列分析将棕囊藻属分为P.PLY559-P.jahnii、P.globosa、P.antarctica和P.pouchetii、P.cordata5个支系，香港藻株HK2位于P.globosa支系中；但未能将P.pouchetii与P.antarctica区分开来。 rDNA ITS区序列分析将棕囊藻属中均能形成群体、具有胶质囊的种类分为P.globosa、P.antarctica和P.pouchetii3个支系，其中香港藻株HK2应为P.globosa。分子系统树并未能将各个种内不同地理来源的藻株区分开来。 18S rDNA序列可用于构建高等级分类群间系统发育关系，用于种间水平研究则有较大的局限性；ITS序列则是种间界定的较好分子指标。 综上所述，中国东南海域的棕囊藻应为P.globosa，分子结果并没有证明中国海域的球形棕囊藻是本地种这一观点。汕头藻株ST2和ST3不是棕囊藻；核酸序列分析技术能对物种进行分类鉴定，在赤潮研究中具有重要意义。