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日本白鲫和德国镜鲤远缘杂交产生的子一代,在湖南湘阴望滨渔场连年鱼苗制种和饲养过程中,都表现出生长速度快,抗病力强,群体离散度小等明显的杂种优势现象。本实验利用随机扩增多态性DNA和微卫星技术对日本白鲫（♀）×德国镜鲤（♂）杂种一代及双亲进行分析。从分子遗传学角度去探讨它们之间亲缘关系和杂种优势产生机制,所得出的相关指标,为以后生产实践中相关物种快速选择和培育新的杂交种作参考。RAPD分析共选用了112个随机引物,实验筛选出有效引物24个,对日本白鲫（♀）×德国镜鲤（♂）杂种一代及双亲进行了RAPD分析。结果表明:①从多态性位点分析:在德国镜鲤、日本白鲫、F1中检测到的位点数分别为200、207、218,其中多态性位点数分别为63、66、72,多态位点比例分别为31.5%、31.9%、33%。F1多态位点高于父母本,表明它的遗传多样性和变异水平最高。②从三个群体间的遗传距离分析:三个群体间的遗传距离分别为0.3068（德国镜鲤和日本白鲫）、0.2041（德国镜鲤和F1）、0.1961（日本白鲫和F1）。德国镜鲤和日本白鲫的遗传距离最大,表明它们之间具有最大的杂交潜力,F1与父本遗传距离大于F1与母本遗传距离,表明F1与母本亲缘关系更近。③从特异性条带分析:扩增谱带中找到了1个引物（S21）的特异性带是德国镜鲤区分日本白鲫和F1的分子标记,找到4个引物（S79、S114、S331、S333）扩增出的特异性谱带是日本白鲫区分德国镜鲤和F1的特异标记,还有1个引物（S106）扩增的特异性谱带可以作为F1区分父母本的遗传标记。在UPGMP聚类图中,24个随机引物能将三个群体的24个体全部区分开,没有2个个体拥有完全相同的RAPD标记;不同群体形成各自的分支,使三群体之间全部相互区分开。JCC和F1最先分为一支,说明F1与母本更相似,形态学外观也支持这一结论。所有个体分别成三个群分布,清晰地反映出个体间的相互关系。实验同时又用筛选的11对微卫星引物对三个群体进行了遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明:3个群体在11对微卫星标记中共检测到119个不同的等位基因,德国镜鲤、日本白鲫、F1中检测的等位基因数分别为36、40和43。平均每个引物检测到的等位基因数分别为3.27、3.64和3.91。平均有效等位基因数分别为3.02、3.54和3.82,平均观察杂合度分别为0.41、0.48和0.53,平均期望杂合度0.46、0.50和0.52,平均多态信息含量为0.50、0.52和0.51。说明这几个群体属于高度多态群体、遗传多样性水平高、种质资源状况良好,是适合用作亲本选育的群体,能有很好的杂交选育潜力。由此可见,两种方法得出的结果是一致的:即F1的遗传多样性比双亲高,日本白鲫比德国镜鲤高,双亲的纯度高于子一代,双亲的组合具有杂种优势产生的潜能。