苜蓿是世界上栽种面积最广、经济价值最高的豆科牧草,由于我国苜蓿种质资源匮乏以及遗传背景不清,新品种培育慢,难以满足我国市场需求,因此,了解不同苜蓿种质材料的遗传特性,对苜蓿新品种选育具有重要理论指导意义。本文对收集的96份不同来源苜蓿种质材料通过表型和SSR分子标记方面进行遗传多样性和群体遗传结构研究。研究结果如下:(1)供试的96份苜蓿种质材料的16个表型性状间存在明显差异,变异系数介于7.00%-28.48%之间,多样性指数H’介于1.62-2.07之间,具有丰富的遗传多样性。其中株高、茎粗、根颈直径、一级分枝数、叶面积和根颈入土深度6个指标在苜蓿种质材料间具有较大的差异,是影响苜蓿变异和遗传多样性的主要因子。(2)通过对96份苜蓿种质材料16个表型性状进行聚类分析可知,96份种质材料可分为5类,其中10号、12号、55号、6号、8号、34号、26号、28号和71号材料,植株生长旺盛、长势好,生长状况最好,可作为苜蓿育种的原始材料;而编号为31号、56号和57号材料,植株长势较弱,株型较小,叶片小且窄,叶柄短,茎干细且第四节节间短,育种价值不高。(3)12对SSR引物在30份苜蓿种质材料的240个单株中共扩增出499个条带,其中多态性条带为498个,平均每个标记扩增出41.50个位点,多态位点百分率达到99.73%。30份苜蓿材料群体内部的基因多样性变幅水平为0.0767-0.2006,Shannon信息指数的变幅水平介于0.1214-0.2832,遗传分化系数(Gst)介于0.1133-0.2831,说明供试苜蓿材料群体内部有较明显的遗传变异。30份苜蓿种质材料之间的有效等位基因数介于1.0787-1.1188之间,多态位点介于77-151之间,多态位点百分率介于17.31%-31.70%之间,Shannon信息指数的变幅介于0.9758-1.5017之间;根据Nei’s基因多样性进行排序,排名前10的种质依次为:31号、30号、79号、91号、50号、84号、45号、77号、44号和28号。(4)对苜蓿材料进行遗传相似性系数分析可知,亲缘关系较远的材料是来源于日本的84号和意大利的79号单株材料;亲缘关系较近的材料则是来自于美国的72号和美国的85号单株材料;而来自于亚美尼亚31号材料的单株遗传相似性系数变幅最大,其次为美国的67号;(5)根据UPMGA聚类法得出,30份苜蓿种质材料可以分为四大类,第一大类包括了23份苜蓿材料;第二类为来源于美国、玻利维亚、利比亚的5份苜蓿材料:单独聚为一类的分别是来源于亚美尼亚的31号材料以及来源于中国的56号材料。(6)对供试苜蓿单株种质材料进行群体遗传结构分析表明,当K=4时,相似值最大,因此将参试材料划分为四个类群。以Q值≥0.6为划分标准,分析了各苜蓿材料在不同群体的Q值,其中有96.67%的苜蓿种质材料在四大类群中的Q值≥0.6,认为其遗传结构较单一;其余8份苜蓿种质材料的遗传结构具有复杂的变异性,属于混合类群;划分至四大类群中供试的苜蓿种质材料,在各类群中所占比例分别为40.00%、25.42%、14.58%、16.67%:各类群的苜蓿材料中,同组苜蓿种质材料单株间的遗传结构差异较大;由主成分分析可知,类群Ⅲ的遗传分化水平较高,说明该类群的苜蓿材料差异较大。