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家畜的系谱记录是选种选配以及群体遗传参数评估的重要依据。但是目前我国在绵羊育种场中往往存在系谱记录不全甚至缺失的现象,这对后续的遗传力评估、育种值预测以及选种选配方案的制定产生重要的影响,因此应用亲子鉴定技术鉴别个体身份,修正错误系谱信息有着极为重要的实践意义。微卫星分子标记因具有共显性遗传、稳定性好、多态性高等特点,已经在家畜遗传图谱构建和家系管理等研究中广泛应用。目前绵羊微卫星标记重复单元均为2碱基重复,因PCR扩增易出现影子带而使等位基因的准确读取比较困难,从而往往导致实验结果不稳定。本研究以小尾寒羊和杜泊羊为主要研究对象,拟从已有的绵羊参考基因组序列出发,筛选四碱基重复高多态性微卫星位点,同时探讨所获得的微卫星位点应用于绵羊亲子鉴定的可行性,旨在为下一步绵羊群体间遗传多样性分析、亲缘关系的鉴定和家系分析等方面奠定基础。主要研究结果如下:(1)在绵羊参考基因组中通过BLAST检索,在26条常染色体上获得138个含有四碱基重复(ATAG或CTAT)_n的微卫星序列,并依据重复序列两端侧冀序列特征以及设计引物的基本条件,选取其中的53个位点设计引物。通过琼脂糖凝胶电泳及PCR产物克隆测序,结果表明其中30个位点具有较好的PCR扩增特异性和扩增效率,(ATAG或CTAT)重复次数范围为6-26,扩增长度范围为127-468?bp。(2)利用31只小尾寒羊对30个微卫星位点的多态性进行检测。基因分型结果表明,?30个标记共扩增出253?个等位基因,平均等位基因数为8.433,等位基因数均大于5,多态信息含量(PIC)在0.566-0.898,观测杂合度(Ho)范围在0.548-0.903,期望杂合度(He)范围在0.631-0.921,平均期望杂合度为0.7762;哈代-温伯格平衡检验30个位点均处于遗传平衡状态。(3)随机挑选11个微卫星位点在21只杜泊羊中进行多态性分析,等位基因分型结果表明,共扩增出58个等位基因,平均等位基因数为5.273;多态信息含量在0.412-0.814,平均多态信息含量为0.5688,观测杂合度为0.368-0.789,期望杂合度为0.477-0.855,平均期望杂合度为0.6363。(4)在亲子鉴定位点的筛选中,首先从筛选获得的30个多态性位点中选出22个微卫星位点用于亲权排除概率的计算,根据PIC的大小由高到低依次增加位点数进行组合。结果表明,在两个亲本的基因型均未知的情况下,标记位点数为15个时,累积排除概率可达到99.99%,其中单个位点的第一非亲排除率介于0.321-0.663之间。(5)利用22个微卫星标记依据PIC由高到低的顺序,分别选取9、12、15、18和21个位点5种组合在系谱清楚的4个绵羊家系中进行亲本鉴定分析。亲子鉴定结果表明,当标记位点数为9和12时,部分子代候选父本仅能达到低置信度或不能确定亲子关系;当标记位点数为15、18和21个时,各子代候选亲本均达到高置信度,微卫星鉴定的亲本结果与系谱记录完全一致,为下一步绵羊亲子鉴定和分子系谱的构建奠定了基础。