三维受限空间中单链高分子动力学行为的计算机模拟

来源 :中国科学技术大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiexia1987623
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在外力作用下,DNA分子的一部分链段被驱使进入被障碍物占据的受限空间中,其余部分仍处在自由区域内。在外力撤出后处在受限空间内的部分在熵差的推动下,以一定的速度自发回弹到自由区域中。本文将键长涨落算法(BFM)与八位置模型相结合,对DNA单链从受限区域回弹到自由区域的动力学过程进行了计算机模拟。一方面,其结果和Turner的实验相一致,处在受限区域内的链末端与界面的距离以及处在受限区域内的链单元的数目与时间t都满足平方根关系。另一方面,该结果也验证了Turner的简单模型的正确性。DNA所处空间纵向尺度和受限区障碍物及其间隔的大小会影响DNA长链的自发回弹速度,结果证明熵力是促使DNA长链自发回弹的驱动力。进一步分析得出受限区域中每个链段的熵与受限区域中的自由空间部分成正比例关系。
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