SP600125诱导的鲫同源四倍体细胞系转录组学分析

来源 :湖南师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:slrjlc2009
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通过高通量转录组测序技术,比较研究SP600125诱导鲫同源四倍体细胞(SP4n)与鲫二倍体细胞(2n)以及鲫鲤四倍体细胞(JL4n)在转录组水平的表达特征,进一步掌握SP600125对细胞的生物学影响,为深入探讨SP600125的生物学作用及应用提供理论依据。主要研究结果如下:1.SP4n细胞与2n细胞的比较转录组学分析。SP4n细胞比对2n细胞的转录组数据,获得663个差异表达基因,其中显著上调基因255个(38.46%),显著下调基因408个(61.54%);GO和KEGG数据库差异富集分析显示,SP4n细胞比对2n细胞的差异表达基因主要与细胞黏附迁移、钙离子调控、能量代谢等密切相关;同时转录组数据及qRT-PCR检验结果均表明,SP4n细胞与2n细胞在主要细胞周期调控相关基因的mRNA表达水平上并无显著差异。2.SP4n细胞与JL4n细胞的比较转录组学分析SP4n细胞比对JL4n细胞的转录组数据,共获得35599个差异表达基因,其中显著上调基因30449个(85.53%),显著下调的为5150个(14.47%);KEGG差异富集分析及qRT-PCR结果显示,SP4n细胞与JL4n细胞在细胞周期调控相关基因存在转录水平的表达差异。3.SP4n、2n和JL4n细胞部分能量代谢相关基因的表达分析进一步分析与线粒体功能相关基因的转录水平,并测定细胞ATP含量。结果显示:13个与糖酵解和氧化磷酸化相关基因的mRNA表达量总体上呈JL4n>2n>SP4n,尤其是氧化磷酸化相关基因的转录水平差异十分显著;SP4n细胞线粒体形态结构与2n和JL4n存在一定差异,但单位蛋白浓度ATP水平基本维持稳定;Sirtuin家族中与线粒体功能密切关联的sirt3、sirt4和sirt5基因转录水平表现为SP4n<2n
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