基于神经网络的黄酮类金属配合物抗肿瘤与抗氧化构效关系模型研究

来源 :重庆大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yeyayuqiya
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
定量构效关系研究在药物化学、药物筛选、药物活性预测和药物设计领域具有重大意义,据文献报道目前一般是基于线性关系方法建立定量构效关系模型的。研究表明物质的化学结构与药理活性之间往往存在非线性的关系,为更有效地描述结构与活性之间的关系,提高预测药理活性的能力,对生理活性物质进行结构改造,避免盲目探索造成的浪费以最少的成本直接获得高性能的化学实体的目标。本论文将非线性的人工神经网络法引入到定量构效关系模型中,达到良好的拟合精度和较强的预测能力,研究能真实、客观地描述物质的化学结构与药理活性之间关系,在新药研究及开发等方面具有一定的意义。黄酮类化合物具有抗肿瘤、抗氧化、抗菌、抗炎和抗病毒等多种药理活性,可作金属离子的良好的螯合配体,黄酮类化合物与金属离子配位能大大提高原有的药理活性,但由于黄酮类金属配合物的结构比较复杂,不易获得其电子结构参数,黄酮类金属配合物的结构与活性之间存在非线性关系,若用对线性关系有效的方法建立的定量构效关系模型无法描述结构与活性之间的关系。因此本论文采用量子化学获得黄酮类金属配合物的特征电子结构参数,基于非线性的人工神经网络法建立定量构效关系模型并完成初步验证,同时利用建立的定量构效关系模型预测了橙皮素金属配合物的抗肿瘤与抗氧化活性,并依据预测结果设计了相关实验,实验结果反过来又验证了模型有效性、科学性。论文以黄酮及其衍生物金属配合物为研究对象,通过文献获得了各种黄酮及其衍生物金属配合物的结构式和相应的药理活性;利用量子化学计算得到配合物的电子结构参数;利用逐步回归分析和主成份分析筛选出对药理活性起重要作用的特征电子结构参数;在此基础上利用人工神经网络法建立了抗肿瘤(包括配合物与DNA的结合作用和配合物的抗HepG2作用)和抗氧化(包括清除羟基自由基和清除超氧阴离子自由基)定量构效关系模型并对模型进行了初步验证;利用建立的定量构效关系模型对4种橙皮素金属配合物的抗肿瘤和抗氧化活性进行了预测;根据预测结果指导实验,通过橙皮素-铜配合物的合成、表征、抗肿瘤及抗氧化实验进一步验证了模型的准确性,结果表明得到的定量构效关系模型具有较好的预测能力。论文主要研究结果如下:①定量构效关系模型特征参数的获取。1)利用Gaussian03软件对文献中收集到的黄酮及其衍生物金属配合物进行结构优化,计算电荷布居、前沿轨道、自然键轨道、能量等获得相关电子结构参数。结果表明偶极矩(Dp)、A环上的电荷(Qa)、B环上的电荷(Qb)、C环上的电荷(Qc)、金属离子电荷(Qmetal)、1号氧原子所带电荷(QO1)、2号碳原子所带电荷(QC2)、4号碳原子所带电荷(QC4)、5号碳原子所带电荷(QC5)、6号碳原子所带电荷(QC6)、7号碳原子所带电荷(QC7)、8号碳原子所带电荷(QC8)、11号原子所带电荷(QO/N11)、4’号碳原子所带电荷(QC4’)、6’号碳原子所带电荷(QC6’)、1’号碳原子所带电荷(QC1’)、12号氧原子所带电荷(QO12)、3条最高占据轨道能量(EHOMO)、(EH-1)、(EH-2)、3条最低空轨道能量(ELUMO)、(EL-1)、(EL-2)、3个最高与最低轨道能量差(△EL-H2)、(△EL-H1)、(△EL-H)均能表征黄酮及其衍生物金属配合物的结构,是重要的电子结构参数。2)应用逐步回归法对黄酮及其衍生物金属配合物的重要的电子结构参数进行分析,筛选出对药理活性起重要作用的特征电子结构参数,包括:C环电荷、C1’电荷;A环电荷、C4’电荷、B环电荷、△EL-H1;C8电荷、 EL-H1、C环电荷;C7电荷、偶极矩、O11电荷、L1能量、A环电荷。3)应用主成份分析法对黄酮及其衍生物金属配合物的重要的电子结构参数进行分析,得到各重要电子结构参数的线性组合特征参数F。②基于人工神经网络建立定量构效关系模型。1)利用神经网络法以逐步回归分析为基础建立定量构效关系模型4个;利用神经网络法以主成分分析为基础建立定量构效关系模型4个。建模过程中将收集到的文献数据分为两部分,一部分做训练组,一部分做验证组,分别以训练组中的特征电子结构参数(逐步回归法得到)和新的线性组合特征参数F(主成份分析得到)为自变量,以对应的抗肿瘤和抗氧化活性为因变量利用神经网络建立黄酮及其衍生物金属配合物的定量构效关系模型。结果得到了黄酮及其衍生物金属配合物与小牛胸腺DNA结合作用定量构效关系模型、黄酮及其衍生物金属配合物抗HepG2作用定量构效关系模型、黄酮及其衍生物金属配合物清除羟基自由基抗氧化作用定量构效关系模型、黄酮及其衍生物金属配合物清除超氧阴离子自由基抗氧化作用定量构效关系模型共计8个。2)分别以验证组中的特征电子结构参数和新的线性组合特征参数F做为输入变量输入到定量构效关系模型中得到输出变量即药理活性,利用验证组中相应的抗肿瘤和抗氧化活性实验值与模型预测值进行对比从而完成模型的初步验证,验证结果表明以逐步回归分析和主成份分析结果为基础通过神经网络法建立的2个黄酮类金属配合物与DNA结合的定量构效关系模型的相对标准偏差分别为0.255和0.162,对应的决定系数R2分别为0.837和0.854;2个黄酮类金属配合物对HepG2作用的定量构效关系模型的相对标准偏差分别为0.4799和0.4349;2个黄酮类金属配合物清除羟基自由基作用的定量构效关系模型的相对标准偏差分别为2.71和2.46,R2分别为0.89和0.90;2个黄酮类金属配合物清除超氧阴离子自由基作用的定量构效关系模型的相对标准偏差分别为2.262和1.554,R2分别为0.958和0.981。说明建立的模型都是可靠的,具有有效的可预测性,其中以主成份分析数据为依据建立的定量构效关系模型预测效果更好。③定量构效关系模型预测活性1)构建橙皮素-铜、橙皮素-锌、橙皮素-钴和橙皮素-镍的结构式并计算电子结构参数。2)利用建立的定量构效关系模型预测4种橙皮素金属配合物与小牛胸腺DNA的结合作用,对肝癌细胞HePG2的作用,清除羟基自由基作用和清除超氧阴离子自由基作用。结果显示:橙皮素-铜配合物与小牛胸腺DNA结合的常数取对数为6.24,对HepG2作用的IC50为19.95μM,清除羟基自由基作用的IC50为32.26μM,清除超氧阴离子自由基作用的IC50为9.97μM。橙皮素-锌配合物与小牛胸腺DNA结合的常数取对数为5.65,对HepG2作用的IC50为31.92μM,清除羟基自由基作用的IC50为34.69μM,清除超氧阴离子自由基作用的IC50为7.29μM。橙皮素-镍配合物与小牛胸腺DNA结合的常数取对数为4.52,对HepG2作用的IC50为54.58μM,清除羟基自由基作用的IC50为40.31μM,清除超氧阴离子自由基作用的IC50为30.64μM。橙皮素-钴配合物与小牛胸腺DNA结合的常数取对数为4.53,对HepG2作用的IC50为74.70μM,清除羟基自由基作用的IC50为47.62μM,清除超氧阴离子自由基作用的IC50为17.63μM。整体来看橙皮素-铜配合物的活性比较好。④根据定量构效关系模型预测结果进行橙皮素金属配合物的合成、表征、抗肿瘤与抗氧化实验。1)合成橙皮素-铜配合物,利用红外光谱、原子吸收光谱、元素分析仪、核磁共振等手段对结构进行表征。2)用MTT法研究不同浓度橙皮素-铜金属配合物对HepG2肝癌细胞的抑制作用,IC50为22.03μM;用紫外光谱法研究橙皮素-铜金属配合物与小牛胸腺DNA结合的作用,结合常数取对数为6.80;清除羟基自由基作用的IC50为37.2μM;清除超氧阴离子自由基作用的IC50为13.16μM。3)对比实验结果与模型预测结果,橙皮素-铜配合物与小牛胸腺DNA结合作用误差为0.56,标准偏差是0.194, R2是0.839;对HepG2作用误差为2.08μM,标准偏差为0.722;清除羟基自由基作用误差为4.94μM,标准偏差是2.57,R2是0.93;清除超氧阴离子自由基作用误差为3.19μM,标准偏差是1.66, R2是0.983。结果表明建立的定量构效关系模型能对我们的实验起指导作用。
其他文献
艺术体操作为难美类评分项目,最终得分是证实运动员实力的最有力标准,器械是艺术体操有别于其他运动项目的显著特征,器械技术动作使艺术体操项目的发展充满艺术的气息,器械熟练性
<正> 人们在预测21世纪海战时,首要提出的问题是哪一类海军平台能够取代近10万吨级的具有空中预警能力的“尼米兹”级航空母舰呢?毫无疑问,答案是载有弹道导弹的核潜艇。目前
上海建设全球科技创新中心,面对人才需求,应整合政府、产业、高校、科研院所等各方力量,开展战略需求分析和关键技术路线图制定,进行战略性新兴产业人才需求预测,完善各类人
本试验测定了玛纳斯萨福克羊与新疆细毛羊级进杂交3个世代共154只生产母羊体重、体尺等生产性能指标,结果显示:级进一代、二代、三代母羊平均体重在1.5岁、2.5岁、3.5岁等3个
地理教师与学生的接触更多是在课堂上,地理教师要充分发挥课堂语言评价的导向功能、诊断功能、激励功能和反馈功能,运用课堂语言评价使学生不仅在课堂上保持学习动机,取得良
居民身份证复印件在日常生活中扮演着非常重要的角色,当前的身份证复印大多基于多功能一体机实现。通用的多功能一体机无法对身份证件的真伪进行鉴别,且存在个人隐私信息易泄露
在军事作战及训练、运动员训练、医疗监护等领域中,常因人体达到生理极限而发生猝死等情况,为了及时预防、减少伤亡,对被测人员进行实时生命体征监测非常必要。心电图是临床诊断
作者通过对5例中晚期鼻咽癌中年患者跌倒的原因进行分析。目的是提示护理人员对中晚期鼻咽癌中年患者跌倒不容忽视,加强放化疗期间的护理及健康教育,提供安全防范措施,造就安
在经历了几十年的飞速发展之后,我国石油工业进入了“以经济效益为中心”的转型期,计划经济体制下形成的管理模式已经适应不了“以经济效益为中心”的要求,于是油藏经营管理
<正>虽然到目前为止,科研人员尚不能完全解释机体对猪肺炎支原体的免疫机制,但是可以明确的一个事实是,接种疫苗可显著有助于减轻肺部病变的大小以及病原体在体内的持续时间