企业资本结构选择是为解决企业发展过程中的资金来源问题，是企业最重要的财务活动之一。交易成本理论认为与其将债务和股权视为两种融资方式，不如将其视为两种治理结构，并且治理结构的选择主要取决于资产的专用性程度。医药行业是国民经济的战略性先导产业，是调整产业结构、提高国家竞争力的生力军，在我国经济发展中占有重要的战略地位，相对于其他行业具有较鲜明的资产专用性特征。因此，本文试图在交易成本理论框架下，以我国医药上市公司为研究对象，探讨其资产专用性对资本结构影响关系，并为提高医药上市公司资本使用效率，促进行业发展，提供一些有针对性的建议。本文首先在交易成本理论框架下分析了资产专用性对资本结构的影响机理，提出了资产专用性与资本结构负相关的研究假设。然后，以深沪两市医药上市公司2006-2010年财务数据组成面板数据作为实证样本，以长期资产比率和销售费用率作为医药上市公司资产专用性的衡量指标，分别运用最小二乘法、固定效应模型和随机效应模型等方法进行了实证检验。实证结果表明：医药上市公司资产专用性与资本结构呈现出显著的负相关关系，即资产专用性程度越高，企业的资本结构中负债比率越低。本文认为医药企业在进行财务决策时应当重视资产专用性对资本结构的影响，合理设计资本结构，与企业的整体资产专用性相适应，从而降低企业的交易成本，提高其市场价值。