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可靠的等位基因频率可以为群体遗传学、遗传流行病学、法医学研究等方面提供重要的信息。本文利用家族中未缺失基因型和部分缺失基因型的信息，改进了最佳线性无偏预测(Best Linear Unbiased Predictor, BLUP)方法，并用来估计复杂家族中的等位基因频率。具体内容如下: 基于基因型推断处理后含有未缺失基因型和部分缺失基因型的家族数据，将缺失等位基因的期望融入本领域权威学者McPeek提出的BLUP方法中。根据部分缺失基因型中缺失等位基因的可能等位基因集的推断方法不同，提出两种等位基因期望值的计算方法:一种是基于亲属关系，另一种是基于标记关系。在基于亲属关系改进BLUP方法中，根据孩子的等位基因来自双亲推断缺失等位基因的可能等位基因集，且利用等位基因频率的自然估计计算等位基因期望值。在基于标记关系改进BLUP方法中，根据相邻基因座上的等位基因连锁不平衡程度较高推断缺失等位基因的可能等位基因集，且利用连锁不平衡参数计算等位基因期望值。 为了评估改进BLUP方法的性能，基于两种方式产生了仿真家族数据，一种是基于固定家族结构，另一种是基于随机生成家族结构。对于两种方式产生的仿真家族数据，比较上述两种改进BLUP方法和McPeek的BLUP方法估计所得的等位基因频率的标准差及均方误差。大量仿真结果表明，基于亲属关系改进BLUP方法能得到更精确的等位基因频率估计，明显优于McPeek方法，且对于大多数频率较小的等位基因，也能得到较好的估计结果。对于绝大多数等位基因，与McPeek方法相比，基于标记关系改进BLUP方法也能得到更精确的等位基因频率估计，且对于频率较大(＞0.05)的等位基因，与基于亲属关系改进BLUP方法相比，基于标记关系改进BLUP方法得到的估计结果更精确。