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因为对于兔肉的需求逐年增加,常规的育种技术对生长性状和肉质性状的遗传改良有限,所以寻找其主效基因和遗传标记对提高肉兔生长和肉品质具有重要意义。肌分化抑制因子(MDFI)基因和抑制素2(PHB2)基因是与动物生产性状有关的两个重要基因,为了提高这些性状,本研究旨在寻找MDFI基因和PHB2基因的SNP位点以辅助分子选择标记。试验以青岛康大兔业发展有限公司和山东农业大学联合培育的肉兔7个专门化品系为试验材料,其中雄兔171只,雌兔168只,共计339只,作为试验材料进行混池测序,PCR-SSCP单链构象多态和限制性内切酶酶切分析,根据两个基因的基因型频率计算各群体的基因频率,并采用SAS软件最小二乘法分析其对生产性状的影响。主要结果如下:(1)MDFI基因:本研究对肉兔MDFI的调控区和全部序列设计引物后,进行扩增混池测序及PCR-SSCP分析发现该基因有4个SNPS,G4010A,T5874C,A6400G和C10732T,并且每一个位点都有三种基因型。经χ2检验不同性别群体发现,G4010A,A6400G和C10732T位点的基因型分布达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而T5874C位点的基因型偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。在雄性群体中,MDFI基因G4010A与70天体重、背腰最长肌PH值、系水力、滴水损失、蒸煮损失、水分含量和灰分含量差异显著(P<0.05),C10732T位点的三种基因型与70天体重、70天体长、70天体尺的差异显著(P<0.05);在雌性群体中,MDFI基因G4010A与背腰最长肌PH值,T5874C与肌内脂肪含量,6400位点与灰分含量、肌内脂肪含量具有显著相关性(P<0.05)。(2)PHB2基因:本研究对PHB2基因全部序列进行了扩增混池测序及PCR-SSCP分析发现该基因四个突变位点A678C、C2653T、A3004G和G3048A。其中A678C位点只有两种基因型,C2653T、A3004G和G3048A有三种基因型。经χ2检验两种性别群体发现所有位点的基因型分布达到偏离了Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05)。在雄性群体中,PHB2基因A678C位点与肌肉蛋白含量差异显著(P<0.05),PHB2基因C2653T位点与70天体重、84天体重、水分含量具有显著相关性(P<0.05),PHB2基因G3048A位点与70天体重、70天体尺具有显著相关性(P<0.05);在雌性群体中,PHB2基因C2653T与30天体重,A3004G与背腰最长肌PH、熟肉率,G3048A与30天体重有显著相关性(P<0.05)。(3)MDFI和PHB2基因不同基因型公兔个体的表达情况,在背腰最长肌,MDFI基因中G4010A,A6400G,C10732T位点三种基因型的RNA表达量差异显著(P<0.05);在后腿肌,MDFI基因的G4010A位点的三种基因型的RNA表达量差异显著(P<0.05);在背腰最长肌中,PHB2基因的四个突变位点中,只有C2653T位点的三种基因型RNA表达量差异显著(P<0.05);在后腿肌中,PHB2基因的所有位点的基因型的RNA表达量差异均不显著(P>0.05)。(4)在背腰最长肌中,肉兔的30日龄与60日龄、90日龄、120日龄,120日龄天与60日龄、90日龄、120日龄个体的MDFI的表达量差异显著(P<0.05)。肉兔的30日龄与60日龄、90天日龄、160日龄,120日龄与60日龄、90天日龄、160日龄之间PHB2基因的表达量存在显著差异(P<0.05)。后腿肌中,30日龄与60日龄、90日龄、120日龄、160日龄,60日龄与90日龄、160日龄,120日龄与90日龄、160日龄之间的MDFI基因表达量显著差异(P<0.05),PHB2基因的表达量均差异不显著(P>0.05)。本研究对MDFI基因和PHB2基因的八个突变位点分析了它们与肉兔生产性状的关系,结果表明这两个基因都有可能是影响肉兔生长发育和肉品质的主效基因,或与控制这些性状的主效基因连锁。