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罗非鱼类（Tilapias）属鲈形目（Perciformes）丽鱼科（Cichlidae）,原产于非洲及中东地区,目前是世界上最重要的养殖鱼类之一，也是典型的广盐性鱼类。尼罗罗非鱼（Oreochromisniloticus）生长快，耐盐能力一般；萨罗罗非鱼（Sarotherodon melanotheron）耐盐能力强，但生长较慢。吉丽罗非鱼（O.niloticus×S.melanotheron F2）的生长速度和耐盐性均介于两个亲本之间，既有母本尼罗罗非鱼生长速度快，又有父本萨罗罗非鱼耐盐能力强的特点，因此对吉丽罗非鱼分子遗传学和进化遗传学等方面的研究成为众多学者感兴趣的课题。本文对吉丽罗非鱼及其两亲本的耐盐驯化差异和遗传变异的研究，旨在探索尼罗罗非鱼和萨罗罗非鱼两亲本对后代生长、耐盐的贡献，以期为吉丽罗非鱼的进一步培育和筛选打下理论基础。1.罗非鱼SSR-PCR反应体系的建立与正交优化用“苯酚-氯仿抽提法”对罗非鱼进行总DNA的提取，通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法测定提取出的总DNA的浓度，纯度和完整性都较好。利用正交试验设计L9（33）的方法，从TaqDNA聚合酶浓度、微卫星引物浓度和模板DNA浓度3种因素在3个水平上进行优化，最终确立了罗非鱼SSR-PCR反应优化体系，总体积为25μL：10×Buffer2.5μL，2.5mmol/LdNTPs2μL，10μmol/L微卫星上下游引物各1.5μL，Taq酶0.2μL（5U/μL），100ng/μL模板DNA0.5μL，ddH2O17.3μL。优化后的反应体系重复性好，扩增结果稳定可靠，为下一步进行罗非鱼微卫星分子标记奠定了基础。2.慢性盐度胁迫对吉丽罗非鱼及其两亲本耐盐性的影响为了深入研究养殖新品种吉丽罗非鱼的耐盐性能，对吉丽罗非鱼及其两个亲本尼罗罗非鱼和萨罗罗非鱼进行了盐度慢性胁迫实验，分析了3种罗非鱼耐盐性能的差异，建立了盐度胁迫过程中死亡率与致死盐度及时间的回归模型，研究结果表明：（1）3种罗非鱼的耐盐能力差异显著，吉丽罗非鱼的耐盐性能接近于萨罗罗非鱼，远高于尼罗罗非鱼，耐盐胁迫时3种罗非鱼的平均致死盐度分别为57.9、66.7和18.5。（2）盐度胁迫实验中尼罗罗非鱼个体间死亡时间差异最大，萨罗罗非鱼个体之间差异最小，吉丽罗非鱼介于其间；吉丽罗非鱼和萨罗罗非鱼死亡时间都有极显著的正态负偏移，离群值和极值较多，尼罗罗非鱼有较显著正态正偏移，只有离群值，没有极值。（3）3种罗非鱼盐度胁迫实验中死亡率与死亡时间及盐度之间的回归关系更适合一元回归，吉丽罗非鱼盐度胁迫实验中死亡率（Y）与死亡时间（t）的回归模型为增长模型Y=e（-7.694+0.031t）（R2=0.979），死亡率（Y）与盐度（s）的回归模型为二次模型Y=0.542-0.037s+0.001s2（R2=0.950）。3.吉丽罗非鱼及其两亲本遗传变异的微卫星分析吉丽罗非鱼是由耐盐性较强的萨罗罗非鱼做父本与生长速度较快的尼罗罗非鱼做母本进行杂交、杂交后代自交产生，2009年全国水产原良种审定委员会审定为养殖新品种。为了分析吉丽罗非鱼及其两亲本遗传特性，选择有代表性的6对微卫星引物，对这3种罗非鱼鱼遗传变异进行研究分析，研究结果表明：（1）6对微卫星引物扩增产物片段大小范围为180350bp，共发现21个等位基因，鱼类群体间、微卫星座位间及等位基因间都存在极显著差异。（2）有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样指数（H）和多态信息含量（PIC）值等群体遗传多样性指标都是吉丽罗非鱼鱼>尼罗罗非鱼>萨罗罗非鱼，吉丽罗非鱼PIC值达到了0.657，属于高度多态性。（3）吉丽罗非鱼与萨罗罗非鱼的遗传距离要比与尼罗罗非鱼的近，萨罗罗非鱼对吉丽罗非鱼的影响要大于尼罗罗非鱼。4.吉丽罗非鱼微卫星分子标记与耐盐性状的相关性分析利用SPSS13.0软件中的一般线性模型（GLM）对43个微卫星标记与罗非鱼的耐盐的盐度性状进行连锁显著性检验。发现在43个微卫星座位中，有5个座位与耐盐性状显著相关，分别是标记UNH914，UNH848，PRL2，PRL3，UNH222，其中UNH848达到极显著水平（P＜0.01）。