新型农村合作医疗制度是我国医疗卫生制度改革的重要组成部分，是国家为了增强农民抵御疾病风险、保护身体健康、促进经济发展和社会稳定所制定的重大决策,有利于社会主义和谐社会的建设。新农合医疗制度的建立与开展，有效的解决了农村人口在医疗服务方面的劣势，完善了医疗卫生服务体系，在一定程度上缓解了农村居民因医疗费用所造成的经济困难。新农合建立的理论基础主要是福利经济学和逆向选择理论等。新农合的实施是为农村人口分散医疗费用支出风险，具有一定的医疗福利性质。在制度运行中涉及不同主体的利益，需要逆向选择与道德风险理论对其进行解释。作者以山西省忻州市A县为例，对新农合基金管理进行研究。忻州市新农合从2007年开展以来，覆盖范围不断扩大，有效缓解农村人口“看病贵”的问题。新农合基金管理主要涉及到筹资、补偿以及结余等三个环节，依据A县新农合基金管理三个环节的现状数据，对新农合基金的筹资、补偿水平和结余状况进行多角度分析。分析显示，新农合基金管理的主要问题为人均缴费率偏低、财政补贴到账不及时、补偿水平偏低以及结余率偏高。根据新农合基金管理存在的问题，应加强对新农合基金收支管理，强化新农合基金的监督，完善新农合医疗基金管理机制。