辣椒原产于中、南美洲，大约在明末传入中国，是我国栽培面积最大的蔬菜作物之一。辣椒疫病是辣椒生产上的一种毁灭性病害，选育辣椒抗疫病品种是防治疫病的重要措施。目前多数学者研究认为辣椒对疫病的抗性是由多基因控制的数量性状，构建辣椒分子遗传图谱进而对抗疫病相关基因进行QTL分析，对分子标记辅助选育辣椒抗疫病品种起着关键性的作用。本研究以抗疫病材料Perennial和感疫病的甜椒自交系83-60为亲本构建的F₂代群体为作图群体，采用液氮-CTAB法提取辣椒基因组DNA，构建了由AFLP、RAPD和SSR标记构成的辣椒分子遗传图谱；并结合实验材料的抗疫病性调查结果，进行抗疫病基因的QTL分析。获得了如下主要结果：1．获得了一组适合辣椒RAPD分析的体系和程序通过对体系中相关因子进行优化试验，获得了一组适合辣椒RAPD分析的体系：25μL反应体系中，MgCl₂浓度2.5mmol L^-1，dNTPs浓度为0.2mmol L^-1，引物浓度为0.4μmol L^-1，模板DNA含量为25～55ng，Taq酶为1U，10X PCR Buffer2.5μL。结合退火温度的梯度试验，确定各引物的扩增程序为：95℃预变性3min，94℃变性30s，各引物的最佳退火温度退火60s，72℃延伸90s，45次循环，最后一个循环延伸为10min，4℃保存至电泳。2．建立了一组适合辣椒SSR分析的体系和程序通过本试验中进行的体系优化和退火温度梯度试验，获得了一组适合辣椒SSR分析的体系和程序。其中体系为：总体积20μL，MgCl₂浓度1.875mmol·L^-1，dNTPs浓度为0.2mmol·L^-1，引物浓度均为0.375μmol·L^-1，模板DNA含量为20～50ng，Taq酶为1U，10xPCR Buffer 2.5μL，扩增程序为：94℃预变性4min，94℃变性45s，各引物最佳退火温度退火45s，72℃延伸90s，35次循环，最后一个循环延伸增加为8min，4℃保存至电泳。3．构建了12个连锁群、70个标记组成的辣椒分子连锁图谱通过对亲本和F₂代群体DNA进行AFLP、RAPD和SSR分析，利用JoinMap3.0软件进行图谱构建，最后构建了一张由12个连锁群组成的辣椒分子连锁图谱。该图谱包括54个AFLP标记、15个RADP标记1个SSR标记，共计70个标记；图谱总长度为429.03cM，标记间平均图距为6.13cM。4．初步检测到2个辣椒抗疫病性状的QTL在本试验构建的图谱基础上，结合抗疫病性鉴定结果，利用Windows QTLCartographer V2.5软件通过区间作图法对辣椒抗疫病性状进行QTL分析。初步检测到2个辣椒抗疫病性状的QTL，都在第4个连锁群上，分别可解释9.5％和16.4％的表型变异。