明末，以欧洲天主教耶稣会传教士来华传教为始的“西学东渐”，是自公元一世纪佛教进入中国以后，又一次外来文化的进入。天主教耶稣会士意大利人利玛窦制定并实行的“文化适应”和“学术传教”的灵活传教策略，在上层士大夫和知识分子中间产生了一定影响，一部分开明的士大夫接受了西方科学和神学思想，其中一些人还皈依了天主教，同时也引起了一部分保守派士大夫的反对和排斥。　　利玛窦去世后，接替他主管中国传教事务的传教士坚持教义的纯洁性而禁止中国教徒“祭孔()祭祖”，威胁和伤害了正统儒学作为中国社会秩序维护者的地位，终于在明万历四十四年{公元1616年}爆发了以南京礼部侍郎沈榷三次上疏万历阜帝请求禁教而掀起的“南京教案”。在这一事件的前后，作为主要当事人的晚明士大夫，因为他们同时具有的学术和政治背景，所以他们对天主教的不同态度决定了“南京教案”具有文化和政治的双重意义，所以厘清晚明士大夫对天主教的不同态度和“南京教案”的关系，就可以解释天主教来华后，“中西礼仪之争”的多重含义。　　本文共分三章和结论四部分阐述这个问题:第一章分析利玛窦来华后，在实际传教过程中总结出的一套适应中国文化的传教策略，即“利玛窦规矩”把天主教和西方科学成功介绍给了晚明士大夫的。而晚明一部分开明的士大夫从对西方科技和器物的好奇开始，转而对天主教神学思想发生了兴趣，导致其中的一些人皈依和认同了天主教。　　第二章介绍利玛窦去世后，耶稣会内部对于传教策略的争论，和由此引起的传教士传教策略的变化，就是一部分传教士放弃争取士大夫的上层路线，转而面向大众大力宣传教义，在普通民众中造成了一定的影响，并且禁止中国信徒参加“祭祖()祭孔”等中国礼仪，这种行为激起了中国保守人士的反感。再通过分析反教人士的言论，揭示中西文化在相互交流的过程中，在哲学、社会伦理、个人价值取向方面的深层矛盾，指出这种中西文化的差异性质在“南京教案”和以后漫长的“中西礼仪之争”里，具有典型的范式意义。　　第三章详细考察“南京教案”的发生，保守派人士由于不能容忍传教士在基层大众中的活动和影响，发动了打击天主教和传教士的反教事件“南京教案”。通过分析反教人士沈榷的上疏，揭示“南京教案”具体原因是因为传教士们的活动伤害和触动了中国社会的基层结构，保守派士大夫担心这种活动有可能瓦解中国社会秩序，进而威胁到国家安全而采取的一次行动。　　结论部分综述士大夫们对待天主教的不同态度，对“南京教案”的影响，指出中国人观念里特有的“天人合一”宇宙观()人生价值观，是和西方文化冲突的根源。