中国汉族、藏族SMP1基因多态性研究

来源 :广州中医药大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yijun5802382
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背景1940年Levine和Stetson发现了Rh血型系统,临床研究证明该系统抗原抗体不匹配能引起溶血性输血反应、新生儿溶血病和自身免疫性溶血性贫血等疾病,其临床重要性仅次于ABO血型系统。自1990年RHD基因和RHCE基因的cDNA被克隆后,从基因结构与功能方面探索Rh血型系统的研究进展迅猛。利用基因分型技术已检测出的RH等位基因已超过180个,其中RHD等位基因120多个,RHCE等位基因60多个。国内外研究表明RH基因存在丰富的人种和民族差异,特别是在东方人中存在复杂的遗传背景差异,不仅RHH基因编码区存在多态性,而且非编码区也富有多态性。RH基因非编码区主要包括启动子区、内含子区、侧翼序列和间隔区,这些区域对RHH基因的表达调控起着重要的作用,同时,这些区域的DNA序列也存在丰富的多态性。RHD和RHCE基因之间的间隔区主要包含下游Rhesus盒和1个SMP1基因。SMP1基因又名TMEM50A(跨膜蛋白50A),该基因第7外显子的3端非翻译区与RHCE基因的第10外显子部分重叠,在进化中高度保守。从位置推测SMP1基因多态性与特殊RHH单体型紧密连锁,该基因相关功能性突变可能与特殊单体RH的选择压力有关。当前对RH基因的编码区研究较多,对RH基因的非编码区研究很少,而对RH基因间隔区中的SMP1基因研究就更少,对藏族SMPl基因的研究未见报道。对中国汉族和藏族SMPl基因多态性的比较研究有助于深入了解RH基因结构特点和民族遗传背景差异,探讨RHH基因非编码区在RH基因进化、重组和突变中的作用机制,揭示RHD和RHCE基因多态性的遗传背景差异。目的比较研究中国汉族、藏族RH基因间隔区重要元件—SMPl基因的结构特点和多态性,建立SMPl基因特异性检测方法,探讨SMPl基因多态性在RH基因进化、交换重组和突变中的作用机制,比较研究SMP1基因多态性的民族背景差异和意义。方法1.用Rh血型微柱凝胶分型卡和抗-D、抗-C、抗-c、抗-E、抗-e单克隆、多克隆抗血清常规检测Rh抗原,RhD盐水法阴性样本用间接抗球蛋白试验确认其为Rh抗原血清学阴性,用吸收放散试验检测Del型。2.参考GenBank中的RH基因序列(BN000065.1及NC000001)和SMPl基因序列(NT004610.19)设计引物,应用聚合酶链反应(polymerase chain reaction, PCR)分段扩增SMPl基因,PCR产物纯化后直接测序。3.利用序列分析软件DNAMAN5.2.9和REPEATMASKER WEB SERVER(http://ftp. genom e.Washington. edu/cgi-bin/RepeatMasker)分析.SMP1基因序列和结构。4.根据SMPl基因外显子多态性位点设计序列特异性引物(sequence specific primer, SSP),应用PCR-SSP方法检测SMP1基因1351T>C多态性。结果1.182例随机非血缘关系广东汉族样本中共检出6种Rh表型,分别为DCCee表型104例(57.1%),DCcEe表型52例(28.6%),DCcee表型11例(6.1%),DccEE表型9例(5.0%),DccEe表型5例(2.7%),dccee表型1例(0.5%)。2.50例随机非血缘关系西藏藏族样本中共检出5种Rh表型,分别为DCcEe表型27例(54.0%),DCCee表型14例(28.0%),DccEe4表例(8.0%),DccEE表型4例(8.0%),DCcee表型1例(2.0%),未检测到RhD阴性样本。3.在Rh表型分布中,藏族与汉族比较存在差异。汉族DCCee表型(57.1%)频率要远远高于藏族(28.0%),二者相比有显著性差异(X2=20.65,P<0.05),而藏族DCcEe表型(54.0%)频率远远高于汉族(28.6%),二者相比也有显著性差异(X2=11.29,P<0.05),其他表型分布二者之间比较无统计学差异(P>0.05)。4.汉族和藏族SMPl基因全长为24066bp,由7个外显子和6个内含子组成。第1-6内含子长度分别为2017bp、2381bp、8553bp、1188bp、3818bp、和3807bp;第1~7外显子长度分别为159bp、106bp、113bp、68bp、93bp、61bp和1702bp。5.在SMP1基因序列中,共有A碱基6631bp(27.5%),T碱基7390bp(30.7%),C碱基5026bp(20.9%),G碱基5019bp(20.9%),并散布有3个A-T富含区和34个Alu序列(SINE/Alu)。6.汉族和藏族SMPl基因第1、2、3、4、5、6外显子未发现多态性位点,但该基因第7外显子存在1351T>C和1726G>A多态性。7.1351T>C多态性分析结果表明181例汉族RhD阳性样本、2例汉族RhD阴性样本,3例汉族弱D样本中共有66个样本同时存在T/C多态性,106个样本仅有CC多态性,14个样本仅有TT多态性。1351T>C多态性分析结果表明50例藏族RhD阳性样本和7例RhD阴性样本中,共有32个样本同时存在T/C多态性,14个样本仅有CC多态性,11个样本仅有TT多态性。8.在1351T>C多态性分布中,汉族和藏族RhD阳性样本之间比较存在显著性差异(P<0.05)结论1.汉族和藏族Rh表型分布特点既有相同之处,又有各自的区域分布特点。2.汉族和藏族SMP1基因结构保守,第1-6外显子无多态性位点,仅第7外显子存在1351T>C和1726G>A多态性。3.本研究成功建立SMP1基因外显子和1351T>C多态性检测方法,可用于中国人SMP1基因结构研究。4.汉族和藏族在1351T>C多态性位点分布中存在显著性差异。
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