《国家中长期改革和发展规划纲要（2010-2020年）》提出“建立高校分类体系,实行分类管理,在不同层次,不同领域办出特色,争创一流。”高校的行政组织是现代高校建立和发展的产物,也是现代高校制度的典型体现。高校行政组织的治理是体现高校内部治理效果最明显和最有效的途径,治理的现代化程度关乎现代高校制度科学完善和可持续发展。在以学术为本位的现代高校制度创建以来,我国高校行政组织就被赋予保障和辅助之职,发展中也经历了积极的探索。在科层制的整体框架下,高校的行政组织越来越庞杂,行政组织的数量不断增加,运行的制度体系不断修订,成为高校治理体系改革与创新的桥头堡,为高校的整体发展贡献重要力量。基建管理部门是典型的高校行政组织,本文通过对高校基建管理部门内部治理的策略研究发现,在“去行政化”和“学术权力”背景下,随着组织机构改革和内部治理的不断推进,从高校发展的整体纬度审视,高校基建管理部门还存在一系列问题:一方面,政府、学校等的期待与要求过度,削弱了高校行政组织内、外部协同能力,同时也使高校行政组织办学主体性弱化,出现结构碎片化;另一方面,轻视内生动力、整体效能以及长远利益的体制机制固有顽疾致使基建管理工作几乎完全是行政化的科层管理,鲜有思考学术本位的回归。因此在甘肃这样经济欠发达地区,关注高校如何提升基建管理部门的治理能力,从而更好地服务乃至推动高校发展,具有很强的现实意义。本文基于甘肃高校基建管理部门这一基层行政组织的运行,借鉴新、旧制度主义和组织生态学等理论,结合教育学、管理学等科学知识,以促生基建管理部门内生动力为主旨,沿着基建管理部门主要工作——基建工程项目管理为主线,从学校、部门、个人三个层面的共时性视角,探讨了基建管理部门和学校之间、基建管理部门的其他行政组织之间以及基建管理部门内部职员之间的关系。通过文献研究、调研访谈、案例分析以及建模计算,一是提出了高校基建管理部门治理设想;二是夯实了高校基建工程项目管理模式选择的理论依据。重点从基建管理部门运行和基建工程项目管理模式选择两个方面对存在的问题进行成因分析,从而整体规划出高校基建管理部门治理路径:第一在高校本质视角下对高校基建管理部门治理理念回归;第二在追求效率的办学导向下,优化基建管理部门组织结构;第三在高等教育管理体制改革背景下再造基建工程项目管理模式。