猪伪狂犬病(Pseudorabies,PR)是由猪伪狂犬病病毒(Pseudorabies virus,PRV)引起的一种猪传染病,其临床症状主要为妊娠母猪发生流产和仔猪出现神经症状,给养猪业造成了巨大损失。自上世纪90年代我国猪群通过免疫疫苗而有效控制该病,但自2011年下半年以来,在我国黑龙江、吉林、河南、江苏等多个省份的免疫Bartha-K61疫苗的猪场相继爆发了PR。2012年,本实验室于河南某免疫Bartha-K61疫苗猪场分离出一株PRV,命名为HeN1株,并证明疫苗Bartha-K61不能对HeN1感染提供完全的保护。此后,国内多个实验室也相继分离到了类似毒株。然而目前,对我国PRV当前流行毒株的分子特征、遗传变异情况尚不清楚。本研究对PRV HeN1株进行了全基因组测序和注释。同时将HeN1序列与仅有的5条PRV完整基因组序列和1条90%以上完整序列进行了全基因组水平上的比较分析。分析结果表明,与国外毒株相比HeN1有多处插入、缺失。同时本研究设计了多对覆盖插入、缺失区域的引物,验证了多株国内不同时期和省份的PRV分离株也存在这些缺失、插入。国内毒株的这种缺失、插入特征提示我国流行的PRV与国外毒株之间存在着明显的差异。本研究进而对PRV又进行了系统分型研究。国外学者利用两种不同分型方法对PRV进行过较详细分型研究,然而我国毒株尚未有分型的报道。本研究利用限制性片段多态性(RFLP)分型方法和gC遗传进化分类方法对PRV进行了分型研究。首次指出,我国流行的PRV与国外PRV毒株分别属于两个不同的基因亚型:国外毒株主要属于基因Ⅰ型,中国毒株主要属于基因Ⅱ型。HeN1和Bartha-K61的血清对这两株病毒的交叉中和实验结果也表明这两株病毒间存在一定的抗原性差异。感染和毒力相关基因的遗传变异表明我国PRV流行株的感染和毒力相关基因具有相似的分子特征,与我国早期PRV相应基因同源性较高。相比之下,国外毒株与国内毒株间各相关基因有较大突变和缺失、插入,二者进化关系较远。简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)是用来分析疱疹病毒遗传变异的重要分子特征。本研究对PRV全基因组序列的SSR进行了全面的分析和比较。结果表明SSR在3株中国毒株和3株国外毒株间存在很大差异,而在各基因型内部差别较小。SSR广泛参与了PRV基因组的变异,并导致两基因型间很多特征插入缺失区域的产生。我们还比较了单纯疱疹病毒Ⅰ型(HSV-1)和PRV这两种病毒的同源蛋白在毒株间的变异性,我们发现PRV编码蛋白在株间变异性比HSV-1编码的相应蛋白的变异性高很多,这在α疱疹病毒中是很少见的。本研究在全基因组水平上对我国流行PRV的遗传变异情况进行分析,据此将PRV分为两个基因型:Ⅰ型主要为国外毒株,Ⅱ型主要为国内毒株。这也是Bartha-K61疫苗(Ⅰ型)对国内当前流行株(Ⅱ型)不能完全保护的重要原因。本研究促进了对我国PRV的分子特征、遗传背景的认识,同时也为PRV防控的策略制定、新疫苗的开发提供了重要的科学依据。