乐清地区耳聋患者致病基因谱分析和A1555G线粒体单倍型研究

来源 :温州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:vitchen02
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背景:耳聋分为综合征型耳聋(syndromic hearing impairment,SHI)和非综合征型耳聋(Nnon-syndromic hearing impairment,NSHI)。非综合征型耳聋是以听力损失为唯一临床表型的感觉器官障碍性疾病,主要由遗传和环境因素引起,其中遗传相关因素约占60%。GJB2、SLC26A4、线粒体12S rRNA、GJB3作为最主要的四个致病基因,与约70%的遗传性耳聋相关。目前检测遗传性耳聋的技术主要包括耳聋基因芯片、Sanger测序、多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA)以及改良的多重连接酶检测反应(improved multiplex ligation detection reaction,IMLDR)等基因分析检测技术。不同的技术选择及组合可达到事半功倍的检测效果。目前,与遗传性耳聋相关的上述四个致病基因在不同地区及种族群体中具有群体遗传异质性,表现为各耳聋人群中不同的突变基因检出率和基因突变遗传图谱。本研究以基因芯片为主要检测手段,结合应用MLPA、Sanger测序以及IMLDR等技术对温州乐清地区319例NSHL患者进行遗传学分析,寻找本地区耳聋患者的突变热点和致病原因,同时对检出的线粒体m.1555A>G突变患者进行线粒体DNA遗传单倍型分析,探究该类病人临床表型异质性的遗传学基础。为本地区耳聋患者的遗传咨询、基因诊断与产前诊断、治疗与预后提供理论基础。  方法:收集来自乐清各镇区319例非综合症型耳聋患者的血样、临床及家系资料。运用耳聋基因芯片检测 GJB2( c.35delG、c.176_191del16、c.235delC、c.299-300delAT)、SLC26A4( c.2168A>G、IVS7-2A>G)、线粒体12S rRNA(m.1555A>G、m.1494C>T)以及GJB3(c.538C>T)四个基因的9个热点突变。对检测出的GJB2单杂合患者进行Sanger测序及MLPA检测分析,对SLC26A4单杂合突变患者进一步行IMLDR技术检测4个耳聋基因的89个热点突变。对检出的其中55例m.1555A>G突变进行线粒体DNA高变区及部分非编码区测序,基于重建东亚人类系统发育树,划分相应的线粒体DNA遗传单倍型,采用卡方检验对各类型的单倍型组别进行统计学分析。  结果:耳聋基因芯片检测319例乐清NSHL患者,发现其中128例患者存在基因突变167次,患者基因突变检出率为40.13%(128/319)。线粒体DNA突变共计61例,其中m.1555A>G突变60例,占18.81%(60/319),为乐清NSHL群体首要的致聋因素;其次GJB2突变57例,占17.87%,其中以c.235delC突变为最主要的致病类型;SLC26A4突变致聋10例,占3.13%(10/319),其中IVS7-2A>G为主要致病类型;另检出GJB3基因c.538C>T突变1例,占比0.6%,且该患者复合线粒体DNA m.1555A>G突变,目前该病例尚未见相关报道。基因芯片检出的23例GJB2单杂合患者进行Sanger测序另检出14例患者存在另一(疑似)致病突变,占60.87%(14/23),另9例患者MLPA亦未检出存在其他突变;7例单纯SLC26A4基因单突变患者另检出4例患者存在该基因上的另一突变,占57.14%(4/7)。55例线粒体DNA m.1555A>G突变患者遗传单倍型分析共检出A、B、D、F、G、M7、M8、N9等八大类遗传单倍型,其中单倍型D所占比例最高,共26例占47.27%(26/55);单倍型B耳聋患者及家系具有最高耳聋外显率,平均44.62%(29/65)。单倍型B与非B之间耳聋外显率具有显著性差异(P<0.05)。  结论:乐清地区非综合征型耳聋患者基因突变具有本地区群体特异性,其中线粒体DNA m.1555A>G突变为致聋的首要因素,其次GJB2突变亦有较高突变检出率;耳聋基因芯片联合Sanger测序、MLPA及IMLDR等技术方法可有效检测本地区NSHL致病基因,本地区线粒体DNA m.1555A>G突变患者其遗传单倍型D检出率较高,另单倍型B患者及家系具有最高的致聋外显率,表明单倍型D或B可能为本地区线粒体突变携带者的致聋高风险遗传单倍型。本次研究结果将丰富我国耳聋群体的地方性遗传数据,这将有助于本地区耳聋患者的基因诊断、遗传咨询及产前诊断。
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