基于16SrDNA高通量测序的猪舍空气微生物检测及其污染传播研究

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空气微生物是规模化猪场环境污染的重要因素之一,空气中的病原微生物会影响动物、工人和周边居民的健康状况,而空气中的微生物可能来源于粪便细菌的雾化。目前,对猪舍空气微生物的研究,主要集中在少数几种微生物或者某一特定病原微生物。关于猪舍空气微生物的多样性及丰度的研究,猪舍对周围环境的空气污染状况研究,以及猪粪微生物和空气微生物的对比研究,涉及较少。因此,本实验以四川省邛崃市金利猪场为研究对象,从2013年7月到8月,以液体撞击式空气采样器采集猪舍和距离猪舍不同距离的空气样品,同时采集粪便样品,提取样品总DNA,将DNA样品送往北京诺禾公司测序,然后利用QIIME软件分析样品的丰度、多样性及差异。a多样性分析和β多样性分析结果显示,粪便微生物和周围空气微生物多样性及丰度差异显著(P<0.01),不同距离处的空气样品差异不显著(P>0.05)。另外,利用QIIME软件从OTUs水平分析不同距离处的空气样品差异显著性,至少25%的样品中含有的OTUs的总数是2593个,其中丰度差异显著的有27个。差异显著的OTUs仅占总体OTUs的1%,说明总体差异不显著,分析表明是由于差异不显著的OTUs掩盖了差异显著的OTUs。观察丰度差异显著的27个OTUs,我们发现,随着距离增加,没有表现出明显的变化规律。从OTUs水平分析,使用R软件编程找出了:A类微生物,B类微生物和C类微生物。A类微生物是舍内污染性微生物,即猪舍内含量高于猪舍外,并且含量随着距离呈梯度变化的微生物;B类微生物是舍内潜在污染性微生物,即猪舍内高于猪舍外,但是含量不随距离呈梯度变化的微生物;C类微生物是舍内非污染性微生物,包括C1类和C2类,C1类是猪舍内存在但猪舍外不存在的微生物,C2类是猪舍外含量高于猪舍内的微生物,D类微生物是存在于粪便中而空气中未发现的微生物,E类是空气中存在但粪便中未发现的微生物,A类含OTUs149个,B类含OTUs1506个,C1类含OTUs132个,C2类含OTUs 6689个,D类含OTUs 969个,E类含OTUs 436个。分析各类微生物结果显示:1、A类含OTUs 149个,其中,能传播到10米的OTUs有]49个,能传播到20米的OTUs有15个,能传播到50米的OTUs有1个,说明传播过程中微生物种类和浓度下降很快,鉴定到属的A类微生物有16种,其中被报道为病原微生物的有8种,只有Prevotella能传播到20米,没有能传播到50米处的病原微生物,说明猪场设计中卫生间距的保持是必要的,而且对于细菌性气源传染病,间距至少应在20米以上;在实验现场条件下,细菌性传染病隔离最好能保持50米以上的卫生安全间距。在猪场规划过程中,隔离舍、生活区、周围居民房以及一级公路距离猪舍大于50米才能满足细菌性传染病预防的需要。2、D类含OTUs 969个,E类含OTUs 436个,鉴定到属的D类微生物有35种,其中20种被报道为病原微生物,有4种OTUs≥10个,它们分别是:Prevotella、Parabacteroides、Treponema、 Bacteroides;鉴定到属的E类微生物有67种,其中34种被报道为病原微生物,有3种OTUs≥10,它们分别是:Streptococcus、Pseudomonas、Chryseobacterium,这些微生物均能导致动物或者人感染疾病,另外,粪便和空气共有的微生物中也有大量的病原微生物。这些分析表明,规模化猪场的空气环境控制和消毒措施对降低猪的发病有十分重要的意义。
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