在单核苷酸多态性研究中，涉及到对大量核酸样本的处理和分析，需要我们提供一种能够实现高通量、自动化的检测平台。为此，本课题组构建了一种集成样本处理、核酸扩增、荧光检测与分析的自动化核酸检测工作站。本文主要是设计与之配套的软件操作系统，通过丰富的界面功能设计对硬件平台的资源进行统一的管理和控制，尤其是提供友好的可编程界面使用户获得实验流程的全自动化操作，实现核酸检测的一站式服务。　　本软件严格按照软件开发流程，首先确定用户需求分析，然后对系统的模块划分、功能分配、接口、数据结构等进行总体设计，描述实现具体模块所涉及到的主要算法、数据结构、类的层次结构及调用关系，最终利用C＃语言进行程序编码和软件测试。计算机与硬件平台之间定义统一的串口通信协议，设计面向研究人员的用户指令，包含一对一移液、一对多移液、移板、振动、扩增、荧光检测、延时和暂停等，用户在软件界面上选择这些指令，经过编译器生成指令流，通过串口发送给硬件平台，硬件平台依次取出指令队列中的指令进行响应。为了满足不同的实验需求，设计了可编程的流程控制器，利用消息队列和多线程控制完成大量事件的消息响应和异常处理，实现在线编程的功能。　　为了考察软件设计的可行性和运行的完美性，设计了移液精确度和准确度验证实验，一方面测试了软件操作系统，另一方面验证了本工作站的系统性能。该实验采用重力测量法，在20℃、48％RH的条件下，预湿吸头，以蒸馏水为样品，测定体积为200μ1、100μl和20μl时的精确度分别是0.17％、0.3％和0.58％，准确度分别是0.12％、0.17％和0.99％。结果表明在本软件系统控制下的全自动核酸检测工作站表现良好，能够满足相应的技术指标。