科研管理是高校日常管理工作的重要组成部分，随着主管部门、高校对科研日益重视，科研的功利化渐趋严重，科研工作中暴露出冲突与问题也越来越多。本文首先对高校科研管理制度的概念进行了界定，为C校科研管理制度的论述提供基本的理论认识。其次以C校现行科研管理制度为研究对象，梳理了C校科研管理工作中存在的主要问题，一是教学与科研相互冲突，二是科研项目管理理论落后，三是科研团队建设滞后，四是绩效考核评价制度落后，五是科研奖励制度不完善。再分析其制度根源，认为学校学位不明确、制度修改缓慢、制度修订缺乏顶层设计和教师参与度不够是科研管理制度不配套的直接原因。　　针对上述问题，在参考其他院校的做法后，遵循“以人为本”的制度设计原则，从六方面设计科研管理制度，即教学与科研平衡制度、科研项目管理制度、科研团队管理制度、绩效评价制度、“以刊评文”制度和科研奖励制度。