笛卡尔作为近代哲学的创始人,他创立了一套理性主义的方法,形成了较完整的科学方法论,并运用这套方法来建立自己的哲学体系。在笛卡尔早期思想中,笛卡尔选择了结合“量”、“秩序”与“理性”的数学方法作为其方法的模式,建立了一套以“一般数学”为指导原则,以精神直观和理性演绎为核心,以分析和综合为步骤的独特数学方法论体系。并将这种方法运用到具体数学中,创立了解析几何学,打开了数学史上新纪元。在形而上学时期,笛卡尔出于对“精神直观”能否提供确实性的怀疑,发明了普遍怀疑方法。通过“夸张的怀疑”使我们获得了作为终结了整个怀疑程序的“我思”这个起点,这个起点相当于数学证明的支撑点——公理。接着,为了进行理性的认识,笛卡尔将心灵和身体分开并对立起来,从本体上证明了心与身是完全不同的两个实体,形成心身二元论,为其哲学大厦奠定了基础。总之,本文认为笛卡尔数学方法论是笛卡尔哲学方法论的基础和起点,哲学方法论是数学方法论的完善和发展,数学方法论是其哲学方法论的实现手段。最终,笛卡尔的方法论体系可以概括以普遍怀疑为起点,以心身二元法为基本原则、心身统一为补充原则,以数学方法为实现手段的完整哲学方法论体系。