淮河源区(?)遗传多样性的研究

来源 :河南师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:cwq2214
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(?)(Hemiculter leucisculus),俗名白鲦,隶属于鲤形目(Cypriniformes),鲤科(Cyprinidae),鲌亚科(?)属(Hemiculter)。分布广泛,主要生活于河流、湖泊的中上层,喜群居生活。由于其肉质鲜美而受到人们的喜爱,而遭受过度捕捞。特别是淮河源区,人口分布密集,(?)是渔民主要捕捞对象之一,其资源量在不断减少,加之淮河流域水库等水利工程的频繁建设,河流生境片段化和破碎化对鱼类的基因交流造成了一定影响,可能导致河南省淮河流域鱼类种质衰退。为研究河南省淮河源区鱼类种质资源现状及保护策略,以广布种(?)为研究对象。采用核基因RAG2和线粒体基因Cytb、COI基因片段作为分子标记,研究淮河源区(?)种群的遗传多样性,分析(?)种群的遗传结构,结合淮河源区地质历史,探讨(?)的群体历史动态,阐明河南省境内淮河源区(?)遗传多样性的变化规律,揭示其关键保护区域,为淮河源区(?)和其他鱼类资源保护和合理开发提供理论依据,本研究主要结果如下:1.淮河源区(?)种群遗传多样性分析基于核基因RAG2对淮河源区(?)种群遗传多样性的分析显示,10个种群平均单倍型多样性(h)为0.940±0.011,平均核苷酸多样性(π)为0.00246±0.00057。GH种群具有最低的单倍型多样性和核苷酸多样性(h=0.645±0.106,π=0.00090±0.00013),TJH种群具有最高的核苷酸多样性(π=0.00390±0.00039),GDX种群具有最高的单倍型多样性(h=1.000±0.063);基于线粒体Cytb、COI基因对淮河源区(?)种群遗传多样性的分析,Cytb基因显示10个种群平均单倍型多样性(h)为0.915±0.011,平均核苷酸多样性(π)为0.00461±0.00060,COI基因显示10个种群平均单倍型性多样性(h)为0.761±0.021,平均核苷酸多样性(π)为0.00307±0.00070。Cytb、COI基因均显示XHH种群是10个种群中单倍型多样性与核苷酸多样性最低的,分别为(h=0.509±0.101、π=0.00229±0.00045)、(h=0.462±0.110、π=0.00147±0.00035)。Cytb基因显示PPH种群的单倍型多样性最高(h=0.833±0.069),JQH种群的核苷酸多样性最高(π=0.00400±0.00034),而COI基因显示TJH种群的单倍型多样性最高(h=0.807±0.047),NW种群的核苷酸多样性最高(π=0.00342±0.00026)。2.淮河源区(?)种群遗传结构分析基于核基因RAG2对淮河源区(?)种群遗传结构分析显示,(?)种群内的平均遗传距离为0.00464,种群间的遗传距离为-0.10850~0.60635,其中WQ种群与其他种群间存在显著差异(p<0.001),遗传分化指数的范围在0.34419~0.51300之间变化。(?)种群间AMOVA分析结果显示,组内种群间的遗传变异占24.64%(p<0.001),按不同水系将10个(?)种群划分为4个群组进行多层次的AMOVA分析结果显示,淮河源区不同水系间(?)种群间的遗传变异为0.09%(p>0.05),遗传变异主要来自于群体内;基于线粒体Cytb、COI基因对淮河源区(?)种群进行遗传结构分析,Cytb基因显示(?)种群内的平均遗传距离为0.00247,种群间的遗传距离为-0.06277~0.54589,COI基因均显示(?)种群内的平均遗传距离为0.00585,种群间的遗传距离为-0.06844~0.55539。Cytb和COI基因均显示LDK种群与其他种群之间的遗传分化较大,其中LDK种群与XHH种群之间的遗传分化指数最大为0.56282(p<0.0001)。基于Cytb基因对淮河源区10个(?)种群AMOVA分析结果显示,组内各种群之间的遗传变异占总遗传变异的26.14%(p<0.001),COI的结果远远小于Cytb,组内各种群之间的遗传变异占总遗传变异的9.35%(p<0.001)。按不同水系将10个(?)种群划分为4个群组进行多层次的AMOVA分析结果显示,淮河源区不同水系各种群组间的遗传变异为2.97%(p>0.05),COI的分析结果显示各种群组间的遗传变异为3.47%(p>0.05),都不具有显著性,遗传变异主要来源于群体内部。结合单倍型网络分析图分析,淮河源区10个(?)种群间没用形成明显的谱系结构和地理结构。3.淮河源区(?)种群历史动态分析核基因RAG2的中性检验结果与核苷酸错配分布图的结果均表明淮河源区(?)各种群近期发生过种群扩张。贝叶斯天际线点图(BSP)显示,(?)在距今0.06~0.01百万年之间呈稳定增长的趋势,在距今0.01百万年至今有效种群呈大幅度增长的趋势;线粒体Cytb基因的中性检验结果与核苷酸错配分布图的结果一致均表明淮河源区(?)种群近期没有发生种群扩张。贝叶斯天际线点图(BSP)显示,(?)在距今0.009~0.005百万年之间呈稳步增长的趋势,在距今0.005百万年至今有效种群呈大幅度增长的趋势;线粒体COI基因的中性检验结果与核苷酸错配分布图的结果不一致,中性检验结果显示淮河源区(?)10个地理种群及整体的D值和Fst值全部都为正值,其P值都大于0.05,表明该种群近期没有发生种群扩张。而歧点分布图呈现为单峰,则表明该种群近期发生过种群扩张;贝叶斯天际线点图(BSP)显示,(?)在0.0025~0.02百万年呈稳定状态,0.0022~0.0012百万年之间有效种群处于增长的趋势,0.0012百万年至今有效种群明显下降。
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